Так, ви можете оформити отримані кошти як внесок до статутного капіталу, але це складна процедура, і у вашому випадку вона була порушена. Набагато простішим і кращим варіантом буде оформити ці кошти як внесок учасника до додаткового капіталу товариства. Це не потребує державної реєстрації і швидко виправить ситуацію в обліку.

Розглянемо обидва варіанти детально.

Варіант 1. Збільшення статутного капіталу (складно і не дуже доцільно у вашій ситуації)
Процедура внесення коштів до статутного капіталу (СК) є суворо регламентованою. В ідеалі, спочатку приймається рішення про збільшення СК, і лише потім учасники вносять кошти.

Чому ваш випадок є проблемним: Ви отримали кошти до прийняття відповідного рішення загальними зборами. Хоча закон і дає певний час на внесення вкладів після прийняття рішення, зворотний порядок (спочатку гроші, потім рішення) є порушенням процедури.

Як це виправити (теоретично):

Провести загальні збори учасників.
Оформити протокол, в якому:Прийняти рішення про збільшення статутного капіталу.
Затвердити результати внесення додаткових вкладів (вказавши, що кошти вже надійшли).
Затвердити новий розмір статутного капіталу та нові частки учасників.
Внести зміни до статуту товариства.
Подати документи державному реєстратору для реєстрації змін в ЄДР.
Бухгалтерський облік: Ваше відображення операції на рахунку 46 є некоректним, що і призвело до червоного сальдо. Кошти, що надходять для формування статутного капіталу до його реєстрації, обліковуються на субрахунку 404 «Внески до незареєстрованого статутного капіталу».

Правильні проведення мали б бути такими:

Надходження коштів від засновника:Дт 311 «Поточні рахунки в національній валюті»
Кт 404 «Внески до незареєстрованого статутного капіталу»
Після державної реєстрації змін до статуту:Дт 404 «Внески до незареєстрованого статутного капіталу»
Кт 401 «Статутний капітал»
Варіант 2. Внесок до додаткового капіталу (більш бажаний)
З 27 серпня 2025 року Закон України «Про товариства з обмеженою та додатковою відповідальністю» прямо передбачає можливість робити внески до додаткового капіталу, які не змінюють розмір статутного капіталу та частки учасників (Закон України «Про товариства з обмеженою та додатковою відповідальністю», ч. 4 ст. 12). Це значно простіший і гнучкіший механізм для фінансування компанії її власниками.

Переваги цього варіанту:

Швидкість і простота: Не потрібно вносити зміни до статуту (якщо в ньому вже є загальна згадка про таку можливість або немає заборони) та реєструвати їх в ЄДР.
Гнучкість: Не змінюються частки учасників у статутному капіталі.
Відсутність податкових наслідків: Такі внески не є доходом підприємства і не впливають на об'єкт оподаткування податком на прибуток чи єдиним податком.
Як це оформити:

Провести загальні збори учасників.
Скласти протокол рішення загальних зборів. У протоколі зафіксувати:Рішення про залучення внеску до додаткового капіталу від учасника (ПІБ).
Суму внеску.
Вказати, що цей внесок не збільшує статутний капітал і не змінює розмір часток учасників. Цей протокол буде первинним документом для бухгалтерського обліку.
Бухгалтерський облік та виправлення помилки: Внески до додаткового капіталу відображаються на субрахунку 422 «Інший вкладений капітал».

Вам потрібно зробити коригуюче проведення, щоб виправити помилковий запис, і відобразити операцію правильно:

Сторнувати (або зробити зворотне) неправильне проведення:Якщо було Дт 311 Кт 46, то потрібно виправити залежно від вашої облікової програми.
Відобразити операцію коректно на підставі протоколу:Дт 311 «Поточні рахунки в національній валюті»
Кт 422 «Інший вкладений капітал»
Такі внески не визнаються доходом підприємства, оскільки є зростанням капіталу за рахунок внесків учасників (Національне П(С)БО 15 «Дохід», п. 5).

Чому додатковий капітал - краще у вашій ситуації:

Оформлення коштів як внеску до додаткового капіталу є оптимальним рішенням. Це дозволить вам швидко, законно і з мінімальними зусиллями врегулювати ситуацію, уникнути складної процедури державної реєстрації та виправити помилку в бухгалтерському обліку. Щодо зазначення в платіжній інструкціїї, доцільно оформити доповідною запискою від директора пояснення, що кошти були внесені саме як додатковий капітал, а зазначення слова "статутний" в призначенні було технічною помилкою.

Раді допомогти, звертайтесь ще!