Так, у вашому випадку потрібно доплатити різницю. Авансовий платіж, який було внесено на початку оренди, зараховується в рахунок оплати останнього місяця лише в сумі, що була фактично сплачена — тобто $1000. Оскільки після укладення додаткової угоди орендна плата становить $2000, при остаточному розрахунку потрібно сплатити ще $1000 у гривневому еквіваленті за курсом, визначеним у договорі.

Чому саме так:
Додаткова угода про підвищення орендної плати є невід’ємною частиною договору, тож на момент розрахунку за останній місяць чинною є нова сума — $2000. Сплачений на початку аванс — це передоплата, яка обліковується як дебіторська заборгованість орендодавця і зараховується в рахунок майбутніх зобов’язань.

Розрахунок:
Загальна орендна плата за останній місяць — $2000.
Від цієї суми віднімається сплачений аванс $1000.
До сплати залишається різниця $1000.

В обліку це виглядатиме так:

Сплата авансу на початку оренди (вже була проведена):
Дт 371 «Розрахунки за виданими авансами»-Кт 311 «Поточні рахунки в національній валюті»
(сума — еквівалент $1000 у гривні на дату сплати).
Якщо у вашій обліковій політиці для таких платежів використовується рахунок 39 «Витрати майбутніх періодів», це також допустимо — тоді зарахування проводиться проводкою Дт 685 Кт 39.
Нарахування орендної плати за останній місяць:
Дт 92 «Адміністративні витрати» (або інший рахунок залежно від призначення приміщення)-Кт 685 «Розрахунки з іншими кредиторами»
Сума — еквівалент $2000 у гривні за курсом, зазначеним у рахунку.
Зарахування авансу:
Дт 685-Кт 371
Сума — еквівалент $1000 у гривні.
Доплата різниці:
Дт 685-Кт 311
Сума — еквівалент $1000 у гривні на дату оплати.
Таким чином, ви нічого не втрачаєте — аванс буде зараховано, а доплата покриє підвищену орендну плату. В обліку орендна плата за останній місяць у повному розмірі ($2000) відображається у складі витрат.

Раді допомогти, звертайтесь ще!