Розрахунок витрат у відрядженні здійснюється в національній валюті України за офіційним обмінним курсом гривні до іноземних валют, установленим НБУ на день затвердження керівником звіту. (https://zp.tax.gov.ua/media-ark/news-ark/705512.html)

У наведеному роз’ясненні ДПС, окрім правил застосування курсу валют з метою звітування за витратами у відрядженні міститься ще і позиція податківців щодо різниці курсів:
"Працівнику відшкодовуються (за наявності документального підтвердження оплати) понесені у зв’язку зі службовим відрядженням комісійні витрати у разі обміну валюти, суми комісійної винагороди за надані банком послуги, пов’язані з використанням платіжних карток та готівки (з урахуванням особливостей системи фінансових розрахунків у державі відрядження), зокрема, відшкодовуються витрати, пов’язані з перерахуванням авансу на поточний рахунок працівника; поверненням коштів з рахунку працівника на відповідний рахунок підприємства; переказом грошових коштів електронними засобами – у безготівковій формі; проведенням безготівкових розрахунків у валюті, відмінній від валюти рахунку платіжної картки; отриманням готівки із застосуванням платіжної картки; конвертацією готівкової іноземної валюти у національну валюту держави відрядження; отриманням виписки банка-емітента платіжної картки."
Таким чином, у Вашому випадку вартість витрат обліковується за курсом НБУ на дату звітування працівником, а різниця курсів (НБУ та комерційного, за яким було списано кошти з картки) та / або інші комісії банку відшкодовуються як окремий елемент витрат у відрядженні.
Рекомендуємо можливість такого відшкодування передбачити у положенні про відрядження.

Раді допомогти, звертайтесь ще!