Внесок в статутний капітал обліковуєте в повному обсязі, в тому числі з врахуванням комісії.
Відповідно до ч.1 ст.12 Закону про ТОВ, статутний капітал визначається в грошовій одиниці України - гривні. Тому при внесенні свого вкладу нерезидент хоч і сплачує в валюті, але гривневий еквівалент.
Тому в бухгалтерському обліку сума 5 000 євро фіксується в гривневому еквіваленті за курсом НБУ на дату прийняття рішення (підписання протоколу) або державної реєстрації змін.

При отриманні коштів від нерезидента ви враховуєте всю суму, в тому числі утриману банком комісію, адже це по суті ваші витрати і на зобов'язання самого нерезидента, який фактично переказав вам повну суму, не впливає. Це не його борг, а ваші адміністративні витрати на банківські послуги.

Тому на день формування протоколу у вас будуть проводки:
Дт 46 - Кт- 401 - на суму 5000 євро, помноженої на курс НБУ на цю дату. Наприклад, при курсі 45 це дорівнює 225 000 грн

Далі, керуючись п. 7 та п. 8 НП(С)БО 21 "Вплив змін валютних курсів" заборгованість нерезидента до моменту внесення є монетарною статтею. Тобто, на дату внесення коштів у вас курсова різниця буде формувати додатковий капітал а рахунку 425.
Наприклад, курс на дату оплати складав 47 грн/євро.
Дт 46 - Кт 425 - 5000 євро х (47-45) = 10 000 грн - додатковий капітал.

При внесенні коштів нерезидентом ви робите проводку на повну суму - 5000 євро.
Дт 312 - Кт 46 - 4950 х 47 = 232 650 грн
Дт 92 - Кт 46 - 50 х 47 = 2350 грн - на суму утриманої комісії банку.

Раді допомогти, звертайтесь ще!