Заголовок тимчасово відсутній

Питання потребує уточнення, оскільки з формулювання незрозуміло:

Хто уклав договір з перевізником — замовник безпосередньо чи експедитор?

Який статус має перевізник — платник ПДВ чи ні?

Чи йдеться про окрему компенсацію витрат перевізника, чи про оплату його послуг у складі плати експедитору?

Це важливо, бо в залежності від відповідей змінюється як бухгалтерський, так і податковий підхід.
Якщо експедитор уклав договір з перевізником
Тоді ситуація відповідає класичній моделі транспортно-експедиторської діяльності, визначеній Законом України «Про транспортно-експедиторську діяльність» №1955-IV:

Експедитор діє за рахунок замовника, залучає третіх осіб (перевізників), і несе витрати, у тому числі обов’язкові збори та платежі, пов’язані з перевезенням.

Відповідно до ст. 9 Закону №1955, ці витрати не включаються до плати експедитору, тобто можуть бути компенсовані окремо.

У такому випадку:

Якщо перевізник не є платником ПДВ, то вартість його послуг не включається до бази оподаткування ПДВ у експедитора, і податкова накладна виписується тільки на суму експедиторської винагороди (ІПК від 17.12.2024 №5741/ІПК/99-00-21-03-02, https://7eminar.ua/news/3131-ipk).

Якщо перевізник поніс обов’язкові витрати — збори, платежі (наприклад, платні дороги, дозволи тощо) — вони також не включаються до плати експедитору, і можуть бути відшкодовані замовником як компенсація витрат, за умови документального підтвердження.

Якщо ж перевізник уклав договір із замовником напряму
Тоді йдеться вже не про транспортно-експедиторські послуги, а про послуги перевезення,
У межах договору про надання послуг (зокрема перевезення) будь-яка сума, що надходить від замовника на рахунок виконавця, визнається дохідною, оскільки:

ПКУ не містить жодних норм, які дозволяють не визнавати дохід у виконавця в межах договору про надання послуг (крім прямо передбачених винятків — агентські, комісійні, експедиторські договори тощо).

П(С)БО 15 "Дохід", п. 5:

Дохід визнається під час збільшення активу або зменшення зобов’язання, що призводить до зростання власного капіталу (крім зростання за рахунок внесків власників).

У П(С)БО та в ПКУ немає такого окремого поняття, як "компенсація витрат" у межах звичайного договору послуг, яке б не формувало дохід. Виняток — це договори, де виконавець не є вигодоотримувачем, діє від імені клієнта, і витрати підтверджені (агент, комісіонер, експедитор).

Тому:

у договорі про перевезення всі кошти, включаючи витрати (збори, мита, паливо тощо), є доходом перевізника, незалежно від структури рахунку чи окремого рядка в договорі;
якщо ви хочете, щоб певні витрати не вважались доходом виконавця, слід укладати експедиторський або агентський договір, де ці витрати прямо передбачено як такі, що понесені в інтересах клієнта, з підтвердженням.

Раді допомогти, звертайтесь ще!