Коректне відображення кредит-ноти при поверненні бракованого імпорту

Умови складання кредит-ноти повинні бути передбачені договором

Така кредит-нота не можу бути складена безпідставно без посилання на умови договору.
При прийманні товару чи при виявленні браку вам варто оформити претензію нерезиденту, скласти документ, де буде зафіксовано перелік та характер такого браку, можливо додати фото чи інші доказі такого браку.
Детальніше можете прочитати в матеріалі за посиланням.
https://7eminar.ua/news/14516-brakovanii-import-oblik-kredit-noti-vid-nerezidenta

На підставі надісланої вами претензії ваш постачальник оформлює кредит-ноту.
Зазвичай вона схожа на інвойс, але там сума (вартість) може бути вказана з мінусом. Також може бути або загальна сума так званої знижки, або перелік товарів, на які вона надається.

На підставі внутрішнього акту виявлення браку ви також списуєте товар в бух обліку проводками Дт 947 - Кт 281, якщо такий товар не придатний для подальшої реалізації.

Якщо ж товар придатний до використання і кредит-нота передбачає саме надання знижки на певний товар, то в такому випадку у вас будуть проводки
Дт 28 - Кт 632 методом сторно на суму наданої знижки по відповідному товару

З питання коригування ВМД саме по митниці, ви можете звернутися до митного брокера. Але в більшості випадків таке коригування не проводиться. Бо по суті взаємовідносини ваші з нерезидентом шляхом надання знижки чи зменшення суми боргу внаслідок оформлення кредит-ноти не стосуються митних платежів. Коригування по митниці проводять зазвичай у випадках саме помилок в митному оформленні чи збільшення/зменшення митної вартості внаслідок перекласифікації товару чи способу визначення такої митної вартості.

Тому і підстав для коригування суми ПДВ у вас не буде.

Але при цьому варто зважати, що у випадку списання бракованого товару в бухобліку у вас виникне необхідність донарахування ПДВ на підставі пп.198.5 ПКУ як на такий, що використаний у негосподарській діяльності.
Тому на дату списання потрібно буде скласти компенсуючу податкову накладну з типом причини 13.
При цьому мінімальна база, що визначена пп.188.1 ПКУ буде визначатися з ціни придбання таких товарів (договірно вартості).
https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/2755-17#n4551

Раді допомогти, звертайтесь ще!