Скільки податкових накладних виписувати при двох оплатах

Вважаємо, що краще дві на кожну платіжку.
Оскільки згідно п. 201.7 ПКУ https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/2755-17#n5052 податкова накладна складається на кожне повне або часткове постачання товарів/послуг, а також на суму коштів, що надійшли на рахунок у банку/небанківському надавачу платіжних послуг як попередня оплата (аванс).
При цьому податкова накладна повинна відповідати первинному документу на підставі якого вона складена, оскільки дані, наведені в податковій звітності, мають відповідати даним бухгалтерського та податкового обліку платника (абз. 1 п. 6 розд. III Порядку № 21 https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/z0159-16#Text , п. 44.1 ст. 44 ПКУ https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/2755-17#n1110).
Податківці допускають і складення однієї податкової накладної в такому випадку:

"у випадку отримання кількох авансових платежів протягом одного дня від одного і того ж покупця за один і той же товар в межах одного і того ж цивільно-правовового договору, не буде вважатися помилкою, коли постачальником буде складена одна податкова накладна на загальну суму таких авансових платежів" (ЗІР ДПС категорія 101.16 https://zir.tax.gov.ua/main/bz/view/?src=ques&id=30363).

Хоча і це роз'яснення описує саме авансові платежі, у Вас як ми розуміємо вже не авансові, а оплата за надану послугу, однак вважаємо, що і у Вашому випадку його можна застосувати.
Однак судячи із практики роз'яснення можуть швидко змінюватися.
Тому ми рекомендуємо все ж складати різні податкові накладні. Також у випадку блокування буде простіше сформувати пакет документів на розблокування та довести підставу для формування податкової накладної.

Раді допомогти, звертайтесь ще!