Так, можна
Якщо загальна сума рахунку на послуги, що зазначена в підсумку документа як остаточна до сплати менша, ніж оплатив клієнт, то ви можете повернути йому надлишково отримані кошти, якщо не планується залишати їх як передплата за майбутні послуги.
Для цього він нього бажано отримати лист про повернення надлишково перерахованих сум, що буде в тому числі підставою для вас як для повернення, так і для неврахування цих сум в дохід.

В такому листі на ім'я директора чи іншої відповідальної особи (бухгалтера, керівника відділу) клієнт вказує свої дані, реквізити для повернення, суму, що повертається.
Зміст листа може бути наступним "Прошу повернути надлишково сплачені кошти в сумі ... грн, що були перераховані платіжною інструкцією №... від ... за наступними реквізитами (і далі реквізити для зарахування).

При цьому не обов'язково зазначати, що це знижка за невикористаний період. Вказувати розширену деталізацію безпосередньо в рахунку ви можете на власний розсуд, але повернення здійснюєте фактично суми переплати, а не повертаєте знижку.

Раді допомогти, звертайтесь ще!