Чи є відхилення податкової віддачі проблемою для ТОВ

Саме по собі це проблемою не є.

Недостатня сплата податку може бути підтсавою для включення до плану перевірок.

Відповідно до п. 77.2 ПКУ https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/2755-17#n1773 до плану-графіка проведення документальних планових перевірок відбираються платники податків, які мають ризик щодо несплати податків та зборів, невиконання іншого законодавства, контроль за яким покладено на контролюючі органи. Періодичність проведення документальних планових перевірок платників податків визначається залежно від ступеня ризику в діяльності таких платників податків, який поділяється на високий, середній та незначний. Платники податків з незначним ступенем ризику включаються до плану-графіка не частіше, ніж раз на три календарних роки, середнім - не частіше ніж раз на два календарних роки, високим - не частіше одного разу на календарний рік.
Порядок формування плану-графіка проведення документальних планових перевірок платників податків затверджено наказом МФУ від 02.06.2015 № 524 https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/z0751-15#Text, яким визначені критерії ризиків та їх поділ за ступенями значущості (високий, середній, незначний).
У високому ступені ризику аж 34 показники, і серед них щодо податку на прибуток є наступне:

"... рівень зростання податку на прибуток нижчий на 50 та більше відсотків за рівень зростання доходів платника податків, що враховуються при визначенні об’єкта оподаткування;

рівень сплати податку на прибуток нижчий на 50 та більше відсотків за рівень сплати податку за відповідною галуззю

рівень сплати податку на прибуток знизився на 50 та більше відсотків порівняно з календарним роком, що передував останній документальній плановій перевірці платника податків;
...
зменшення вартості основних фондів у значних обсягах при відсутності збільшення сплати податку на прибуток;"

Тобто, за наведеними Вашими даними бачимо, що рівень сплати податку у Вас не є меншим ніж 50% за галуззю, тому рекомендуємо переглянути також ще інші показники високого ступеню ризику.
Також багато ми говорили про перевірки, плани-графіки та ін. на Великому Квартальному Семінарі 10 квітня https://7eminar.ua/events/4973/11289

Раді допомогти, звертайтесь ще!