Так, компенсувати можна, але це буде оподатковуваний дохід.

Якщо я Вас правильно зрозуміла, праціник самостійно оплатив медкомісію, а підприємство компенсує йому кошти.

В такому разі не тільки РКО, але й вартість медогляду підпадає під оподаткування. Суми грошового або майнового відшкодування будь-яких витрат або втрат платника податку включаються до оподатковуваного доходу як додаткове благо (пп."г" п.164.2.17 ПКУ https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/2755-17/ed20241201#n3627). Тож з суми компенсації слід утримувати ПДФО та ВЗ.

Податківці в ЗІР, категорія 103.04 https://zir.tax.gov.ua/main/bz/view/?src=ques&id=40861 зазначають наступне:

"У разі якщо юридичною особою (роботодавцем) за рахунок власних коштів відшкодовується фізичній особі (працівнику) вартість попереднього профілактичного медичного огляду, оплаченого нею до працевлаштування у роботодавця, то сума такого відшкодування включається до загального місячного (річного) оподатковуваного доходу працівника як додаткове благо і оподатковується податком на доходи фізичних осіб на загальних підставах".

Раді допомогти, звертайтесь ще!