В бухобліку Ви можете списати таку заборгованість у зв'язку із класифікацією безнадійною.

Відповідно до п. 11 НП(С)БО 10 - https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/z0725-99#o29 дебіторську заборгованість вилучають з активів у разі визнання її безнадійною.
Відповідно до п. 4 НП(С)БО 10 безнадійна дебіторська заборгованість вважають поточну дебіторську заборгованість:
1) щодо якої існує впевненість про її неповернення боржником;
або
2) за якою минув строк позивної давності.
У запитанні вказано, що контрагента вже не існує. Значить на 99,9% можна припустити, що означену заборгованість він вже не закриє. Якщо так, то можна визнати таку заборгованість безнадійною і списати на витрати: Дт 944 Кт 631.

Єдине, хочемо наголосити, що бажано чітко відстежити, коли ліквідувався контрагент (припускаємо, що саме ліквідувався, бо в запитанні сказано, що його немає): цього року чи минулого. Бо якщо минулого, то тоді варто таке списання відображати як виправлення помилки: Дт 44 Кт 631.

Якщо Ваше підприємство - платник податку на прибуток, який не веде облік податкових ріниць з р. III ПКУ - https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/2755-17#n2502, то означену операцію Вам слід відображати суто за правилами бухобліку.
Якщо ж Ви ведете облік податкових різниць з р. III ПКУ, то під час списання означеної дебіторки Вам необхідно збільшити бухфінрезультат на підставі пп. 139.2.1 ПКУ. У додатку РІ цю різницю записують до рядка 2.1.3. Водночас для зменшення бухфінрезультату на підставі пп. 139.2.2 ПКУ (через рядок 2.2.3 додатка РІ) треба, щоб така заборгованість відповідала ознакам безнадійності із пп. 14.1.11 ПКУ. Так, якщо контрагент ліквідувався, то формально можна застосування "з" пп. 14.1.11 ПКУ, який до безнадійної зараховує заборгованість суб’єктів господарювання, припинених як юридичні особи у зв’язку з їх ліквідацією.

Якщо під жодну ознаку із пп. 14.1.11 ПКУ Ваша дебіторка не потрапляє, то під час її списання Ви просто "втратите" витрат в сумі її вартості з метою обліку з податку на прибуток (звичайно, за умови, що підприємство веде облік податкових різниць).

Також зверніть увагу, якщо в бухобліку таке списання Ви будете проводити як виправлення помилки (див. вище), то й у прибутковому обліку треба буде подати уточненку.

І нарешті щодо ПДВ. В ІПК від 19.10.2023 р. № 3678/ІПК/99-00-21-03-02-06 податківці вказували: "Таким чином, у разі, якщо сума попередньої оплати постачальником не повертається, а дебіторська заборгованість за сплаченим авансом покупцем списується, то у даному випадку покупець зобов'язаний визначити податкові зобов'язання з ПДВ на суму, яка була ним включена до податкового кредиту за фактом здійснення попередньої оплати за товари/послуги, використовуючи механізм, визначений пунктом 198.5 статті 198 ПКУ, та скласти і зареєструвати в ЄРПН відповідну податкову накладну".

Тобто, як бачите, податківці рекомендують під час списання такої дебіторки нарахувати компенсуючі податкові зобов'язання.

Раді допомогти, звертайтесь ще!