Експорт товару: оплата в різних валютах та облік питання

Ні, це не порушення.
Ви можете отримувати оплату в будь-якій валюті від резидента, що передбачена договором, крім заборонених російських та білоруських рублів.

Окремого рішення в програмному продукті може бути не передбачено, якщо в договорі з нерезидентом вказана валюта євро.
Тому в такому випадку або варто створити в картці нерезидента окремий договір, де валюта обліку буде фунт, зробити проводки Дт 312 (рахунок в фунтах) - Кт 632 по новому договору в фунтах.
А потім перенести таку оплату ручними операціями чи через документ Коригування боргу на договір в євро.
При цьому слід врахувати курс такого взаємозаліку, якщо за домовленістю, умовно, оплата в 100 фунтів = 114 євро (тобто оплачено борг повністю).
Тут проводка буде Дт 632 - аналітика договір в євро - Кт 632 аналітика договір в фунтах
Тобто, перевірити по оборотно-сальдових відомостях в розрізі договорів, чи закрилась заборгованість/переплата по договорах і чи не "зависли" копійки в гривневому еквіваленті.

Раді допомогти, звертайтесь ще!