На нашу думку, в будь-якому разі Вам зараз не заборонено подати банку акт наданих транпортних послуг від нерезидента.

Якщо ж банк подав по Вам вже інформацію як про порушення валютного контролю на НБУ, а той передав до ДПС, то вже чекаєте - коли прийде запит від ДПС по валютному контролю і будете надавати копії цього акту вже з поясненнями до ДПС.

Акт у Вас був раніше оплати, отже валютний контроль взагалі не мав виникати, і тому пені за порушення валютного контролю не має бути.

Інструкція НБУ № 7 визначає наступне (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/v0007500-19#Text):

"7. Банк розпочинає відлік установлених Національним банком граничних строків розрахунків з дати:

...2) здійснення платежу (списання коштів з рахунку клієнта), а в разі застосування розрахунків у формі документарного акредитива - здійснення банком платежу на користь нерезидента (списання коштів з рахунку банку) - за операціями з імпорту товарів.

9. Банк завершує здійснення валютного нагляду за дотриманням резидентами граничних строків розрахунків:

...4) у разі імпорту робіт, послуг, прав інтелектуальної власності та інших немайнових прав, призначених для продажу (оплатної передачі), - після пред’явлення резидентом акта, рахунку (інвойсу) або іншого документа, який згідно з умовами договору засвідчує виконання нерезидентом робіт, надання послуг, передавання прав інтелектуальної власності та інших немайнових прав, призначених для продажу (оплатної передачі)".

Крім того, якщо сума операції не перевищує 400 000 грн, то вона взагалі не перебуває під валютним контролем - п. 14-3 Постанови НБУ № 18 від 24.02.2022 (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/v0018500-22?find=1&text=%D0%B2%D0%BE%D1%94%D0%BD%D0%BD#w1_17)

Раді допомогти, звертайтесь ще!