Так, можна.

Відповідно до п. 6 глави 2 розділу ІV Правил організації діловодства та архівного зберігання документів у державних органах, органах місцевого самоврядування, на підприємствах, в установах і організаціях, затверджених наказом Міністерства юстиції України від 18.06.2015 № 1000/5 https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/z0736-15#n502, накази з кадрових питань групуються у справи відповідно до їх видів та строків зберігання: тимчасового та тривалого. Якщо у процесі діяльності видається велика кількість наказів з кадрових питань за одним напрямом, їх можна групувати в окрему справу. Отже, реєструвати та зберігати накази про виплату доплати заброньованим працівникам можна як разом з іншими наказами, так і окремо.

Раді допомогти, звертайтесь ще!