Як правильно нарахувати премію працівнику з неповним робочим днем

Це питання потрібно визначити у Ваших локальних документах.
Згідно ст. 97 КЗпП https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/322-08#n617 Форми і системи оплати праці, норми праці, розцінки, тарифні сітки, ставки, схеми посадових окладів, умови запровадження та розміри надбавок, доплат, премій, винагород та інших заохочувальних, компенсаційних і гарантійних виплат встановлюються підприємствами, установами, організаціями самостійно у колективному договорі з дотриманням норм і гарантій, передбачених законодавством, генеральною та галузевими (регіональними) угодами.
Розмір та порядок виплати премії передбачається положенні про преміювання або в іншому локальному акті роботодавця.
Отже, роботодавець у локальному акті визначає яким чином нараховується премія у фіксованому розмірі чи у відсотках від окладу в даному випадку.

Раді допомогти, звертайтесь ще!