Нараховане мито має відноситися до собівартості.

Мито відноситься до первісної вартості товару, на який він нарахований.
Це передбачено п. 9 НПСБО 9 https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/z0751-99#o35
"Первісною вартістю запасів, що придбані за плату, є собівартість запасів, яка складається з таких фактичних витрат:
... суми ввізного мита;"

Однак, якщо Ви самого початку були впевнені, що виграєте судовий процес, то ви могли і не відносити його до первісної вартості, а наприклад вінести на рахунок 39, тобто нарахування мита по аркушу коригування Дт 39 Кт 377/митниця, виграли суд тоді проведення Дт 39 Кт 377/митниця - сторно - зменшили суму мита.

В програмі не має спеціального документу як аркуш коригування, але для нарахування можна використовувати функціонал документу ВМД.

Раді допомогти, звертайтесь ще!