В разі отримання акту перевірки про несвоєчасну реєстрацію податкової накладної ви можете надати заперечення до такого акту регіональній ДПС, що склала такий акт. Відповідно в запереченні вказуєте причини незгоди з таким актом, докази, що підтверджують своєчасну реєстрацію (квитанції, скріни).

Підпунктом 86.7.1 п. 86.7 ст. 86 Податкового кодексу України встановлено, що заперечення розглядаються протягом 10 робочих днів, що настають за днем отримання заперечень до акта перевірки та/або додаткових документів і пояснень.

Якщо комісія регіонального рівня відмовила в розгляді заперечення чи надіслала ППР за результатами перевірки, то в такому випадку ви можете оскаржити таке ППР до контролюючого органу вищого рівня,теж надавши докази та причини незгоди з винесеним рішенням. Така можливість оскарження до контролюючого органу вищиго рівня передбачено п.56.2 ПКУ https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/2755-17#n1321
Строк на подання такого заперечення - протягом 10 робочих днів, що настають за днем отримання платником податків ППР або іншого рішення контролюючого органу, що оскаржується.

Після розгляду контролюючим органом вищого рівня надсилається повідомлення про результати розгляду, в якому або рішення місцевої ДПС залишається без змін, або скасовується.
В разі незадовільного результату в подальшому оскарження може проводитися лише в судовому порядку.

В будь-якому випадку щодо процедурних та юридичних нюансів варто проконсультуватися чи звернутися до юриста.

Раді допомогти, звертайтесь ще!