Ці 3 тонни — це не фізична крадіжка чи псування, а зміна якісних показників (волога та сміття). В обліку це відображається як усушка та сортування.

Документування: Ви отримуєте від елеватора (або покупця) Реєстр накладних та Акт розрахунку (форма № 81). На підставі цих документів на підприємстві складається Акт про доробку продукції.
Проводки:

Ви не списуєте 3 тонни як «витрати» (через 949 рахунок), а коригуєте собівартість.
Фактично, кількість соняшнику на балансі зменшується зі 100 т до 97 т, але загальна вартість (витрати на вирощування) залишається тією ж. Таким чином, собівартість 1 тонни чистої ваги трохи зростає.

Відповідно до Наказу Мінагрополітики №413 (Методичні рекомендації з планування, обліку і калькулювання собівартості продукції (робіт, послуг) сільськогосподарських підприємств)

https://zakon.rada.gov.ua/rada/show/v0132555-01#o13

Чи впливає це на ПДВ
Це найважливіше питання. Якщо списання відбувається в межах природного убутку або є результатом технологічного процесу (доведення до кондиції), то ПДВ за ст. 198.5 ПКУ (нецільове використання) нараховувати не потрібно.

Важливо: Усушка (волога) — це природний процес. Сміттєві домішки (рефакція) — це відсіювання того, що не є соняшником.
Позиція ДПС: Податківці зазвичай не вимагають компенсаційних зобов’язань з ПДВ, якщо у вас є Акт про доробку, який підтверджує, що 3 тонни — це волога та сміття, а не «зниклий» товар.
Ризик: Якщо ви просто спишете 3 тонни як «нестачу» без пояснення причин, ДПС змусить нарахувати 14% або 20% ПДВ на вартість цих тонн.

Відповідно до ст. 198.5 ПКУ

https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/2755-17#n4931

Чи коригувати звіти 29-сг та 37-сг

Ні, перездавати не варто.

29-сг
Цей звіт подається за результатами збору в бункерній вазі (первинна вага від комбайна). 3 тонни різниці — це нормальна технологічна практика. Статистика знає, що залікова вага завжди менша.
37-сг
Аналогічно — відображає хід збирання. Якщо ви почнете «підганяти» статистику під залікову вагу, у вас виникне розбіжність з первинними накладними від комбайнерів та токовими листами.

Висновок:

Не чіпайте статистичну звітність. Різниця між бункером і заліком — це природно.
Оформіть Акт про доробку. Використовуйте дані з елеватора про відсоток вологи та сміття.
ПДВ не нараховуйте, оскільки ці 3 тонни не були «використані в негосподарській діяльності», а фактично випарувалися (волога) або були відсіяні (сміття) для отримання товарного продукту.

Раді допомогти, звертайтесь ще!