ПКУ в ст. 133 визначає такі причини втрати статусу неприбутковості (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/2755-17/ed20260101#n10610):

"133.4.1. Неприбутковим підприємством, установою та організацією для цілей оподаткування податком на прибуток підприємств є підприємство, установа та організація (далі - неприбуткова організація), що одночасно відповідає таким вимогам:

утворена та зареєстрована в порядку, визначеному законом, що регулює діяльність відповідної неприбуткової організації;

установчі документи якої (або установчі документи організації вищого рівня, на підставі яких діє неприбуткова організація відповідно до закону) містять заборону розподілу отриманих доходів (прибутків) або їх частини серед засновників (учасників у розумінні Цивільного кодексу України), членів такої організації, працівників (крім оплати їхньої праці, нарахування єдиного соціального внеску), членів органів управління та інших пов’язаних з ними осіб. Для цілей цього абзацу не вважається розподілом отриманих доходів (прибутків) фінансування видатків, визначених підпунктом 133.4.2 цього пункту;...

133.4.2. Доходи (прибутки) неприбуткової організації використовуються виключно для фінансування видатків на утримання такої неприбуткової організації, реалізації мети (цілей, завдань) та напрямів діяльності, визначених її установчими документами.

Доходи неприбуткових релігійних організацій використовуються також для здійснення неприбуткової (добродійної) діяльності, передбаченої законом для релігійних організацій, у тому числі надання гуманітарної допомоги, здійснення благодійної діяльності, милосердя.

133.4.3. У разі недотримання неприбутковою організацією вимог, визначених цим пунктом, а для релігійної організації - вимог, визначених абзацом другим підпункту 133.4.1 і підпунктом 133.4.2 цього пункту, така неприбуткова організація зобов’язана подати у строк, визначений для місячного податкового (звітного) періоду, звіт про використання доходів (прибутків) неприбуткової організації за період з початку року (або з початку визнання організації неприбутковою в установленому порядку, якщо таке визнання відбулося пізніше) по останній день місяця, в якому вчинено таке порушення, та зазначити і сплатити суму самостійно нарахованого податкового зобов’язання з податку на прибуток. Податкове зобов’язання розраховується виходячи із суми операції (операцій) нецільового використання активів. Така неприбуткова організація виключається контролюючим органом з Реєстру неприбуткових установ та організацій та вважається платником податку на прибуток для цілей оподаткування з першого дня місяця, наступного за місяцем, у якому вчинено таке порушення.

133.4.4-1. Виплата компенсацій та інших виплат (у тому числі тих, що є додатковим благом) на користь працівників благодійної організації не є підставою для виключення такої благодійної організації з Реєстру неприбуткових установ та організацій, за умови що такі компенсації та інші виплати пов’язані з реалізацією цілей і завдань такої благодійної організації і передбачені її установчими документами та/або організаційно-розпорядчими документами та не суперечать Закону України "Про благодійну діяльність та благодійні організації". Розмір таких компенсацій та інших виплат у податковому (звітному) році не повинен перевищувати 25 відсотків суми понесених адміністративних витрат такої благодійної організації за податковий (звітний) рік."

При цьому за визначенням Інструкції зі статистики заробітної плати № 5 (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/z0114-04#Text)6

"2.2. Фонд додаткової заробітної плати
Фонд додаткової заробітної плати включає доплати, надбавки,
гарантійні і компенсаційні виплати, передбачені чинним
законодавством, премії, пов'язані з виконанням виробничих завдань
і функцій. До складу фонду додаткової заробітної плати входять:

2.2.12. Оплата за невідпрацьований час:
оплата, а також суми грошових компенсацій у разі
невикористання щорічних (основної та додаткових) відпусток та
додаткових відпусток працівникам, які мають дітей, у розмірах,
передбачених законодавством;"

Закон про відпустки № 504 в ст. 24 (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/504/96-%D0%B2%D1%80?find=1&text=%D0%BA%D0%BE%D0%BC%D0%BF%D0%B5%D0%BD%D1%81%D0%B0%D1%86#n258) визначає наступне:

"...За бажанням працівника частина щорічної відпустки замінюється грошовою компенсацією. При цьому тривалість наданої працівникові щорічної та додаткових відпусток не повинна бути менше ніж 24 календарних дні."

Отже, якщо Ваш працівник отримав компенсацію за відпустки за правилами ст. 24 Закону № 504, то це є витратами на оплату праці працівника з позиції ст. 133 ПКУ. Тому Вас не можуть виключити з реєстру неприбуткових організацій, якщо Ви виплачуєте працівникам такі компнсації.

Раді допомогти, звертайтесь ще!