ДПС автоматично Вас бере на облік за даними, які отримує від ЄДР.

Але, щоб набути статусу неприбуткової організації, Ви маєте подати в ДПС за основнм місцем обілку (за адерсою реєстрації) спеціальну заяву у відповідності з Порядком № 440 (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/440-2016-%D0%BF#Text).

ЗІР (102.04, https://zir.tax.gov.ua/main/bz/view/?src=ques&id=36555):

"Як здійснюється реєстрація неприбуткових організацій та установ контролюючими органами?
Відповідь:
Для включення до Реєстру неприбуткових установ та організацій (далі – Реєстр) неприбуткові підприємства, установи та організації (далі – неприбуткова організація) повинні подати до контролюючого органу реєстраційну заяву за формою 1-РН згідно з додатком 1 до Порядку ведення Реєстру неприбуткових установ та організацій, включення неприбуткових підприємств, установ та організацій до Реєстру та виключення з Реєстру, затвердженого постановою Кабінету Міністрів України від 13 липня 2016 року № 440 (далі – Порядок), і засвідчені підписом керівника або представника такої організації та скріплені печаткою (за наявності) копії установчих документів неприбуткової організації (крім тих, що оприлюднені на порталі електронних сервісів відповідно до Закону України «Про державну реєстрацію юридичних осіб, фізичних осіб – підприємців та громадських формувань».... Неприбуткові організації, що діють на підставі установчих документів організації вищого рівня, відповідно до закону подають разом із реєстраційною заявою за формою 1-РН згідно з додатком 1 до Порядку засвідчену підписом керівника або представника такої організації та скріплену печаткою (за наявності) копію документа, який підтверджує включення до організації вищого рівня та надає право діяти на підставі установчих документів такої організації вищого рівня.
За результатами розгляду реєстраційної заяви та документів, що додаються до неї, або на підставі відомостей, отриманих з Єдиного державного реєстру юридичних осіб, фізичних осіб – підприємців та громадських формувань, протягом трьох робочих днів з дня їх отримання контролюючим органом приймається рішення про:
включення, повторне включення, відмову у включенні (повторному включенні) неприбуткової організації до Реєстру;
виключення неприбуткової організації з Реєстру;
зміну ознаки неприбутковості."

Отже, подаєте Заяву ф. № 1-РН до ДПС на реєстрацію неприбутковою організацією.

Якщо Ви - новостворена ГО, то заяву ф. № 1-РН маєте подати протягом 10 календарних днів з дати держреєстрації (тоді набуття статусу неприбуткової організації буде з дати держреєстрації).

Додатково - ЗІР (102.04, https://zir.tax.gov.ua/main/bz/view/?src=ques&id=31760)

Раді допомогти, звертайтесь ще!