Найперше варто зазначити, що для того щоб мати можливість законно проводити витрати по автомобілю в тому числі здійснювати списання палива потрібно оформити договір користування таким авто.

Це може бути договір оренди, або договір позички (безкоштовне користування). І договір оренди, і договір позички з власником-фізичною особою потрібно посвідчити нотаріально (ст. 799 ЦКУ, част. четверта ст. 828 ЦКУ https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/435-15#n4003).

Якщо оформляється договір оренди, то з суми орендної плати слід утримати 18% ПДФО та 5% військового збору.

Ще один варіант це компенсація використання власного автомобіля працівнику. Оформлення може бути на підставі заяви працівника та наказу керівника організації. Відповідно до ст. 125 КЗпП https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/322-08#n732, працівники, які використовують свої інструменти для потреб підприємства, установи, організації, мають право на одержання компенсації за їх зношування (амортизацію).
Розмір і порядок цієї компенсації визначаються власником або уповноваженим ним органом за погодженням з працівником.
Тобто, компенсація витрат за користування автомобілем працівника в господарській діяльності нараховується лише за час використання такого авто в межах робочого часу, а весь інший час працівник використовує своє авто на власний розсуд. А витрати, пов’язані з експлуатацією авто працівника в своїй діяльності, підприємство компенсує в розмірі, визначеному за домовленістю з працівником.
Для працівника це буде додаткове благо (п. 164.2.17 ПКУ https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/2755-17#n3627), відповідно оподатковується ПДФО і військовим збором. ЄСВ не буде, бо така виплата є в переліку видів виплат на які не нараховується ЄСВ (п. 11 https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/1170-2010-%D0%BF#Text).
Однак при такій компенсації витрачене пальне потрібно буде проводити аналогічно компенсації, тобто з податками (ПДФО та ВЗ).

Для списання пального по конкретному автомобілі потрібно затвердити норми списання, і на підставі них проводити списання пального.
Можна подати заявку на розрахунок норми у ДержавтотрансНДІпроект, або зробити власні контрольні заміри витрат пального і результати таких замірів затвердити наказом про норми витрат, також можна до наказу додати технічну документацію до ТЗ.
Для документування кількості запусків, проїханих км, зручно використовувати подорожні листи, в яких водій буде фіксувати всі ці моменти. І вже на підставі затверджених норм та даних в подорожніх листах можна бухгалтеру проводити списання пального.
Підприємство на власний розсуд може визначати порядок та форму ведення підтвердження витрат на списання пального. Див. додатково https://7eminar.ua/news/1998-podoroznii-list?page=71

Раді допомогти, звертайтесь ще!