Розрахунок ПДВ при недостачі імпортного товару на складі

Компенсуючу ПН ви нараховуєте на договірну вартість і реєструєте ПН з типом причини 13
Так як в даному випадку буде вважатися, що такий товар ви використали не в господарській діяльності, то відповідно до ст.198.5 треба скласти та зареєструвати ПН з типом причини 13.
При цьому в податковому кодексі вказано, що платник податку зобов'язаний нарахувати податкові зобов'язання виходячи з бази оподаткування, визначеної відповідно до пункту 189.1

В згаданій ст.189.1 вказано, що у разі здійснення операцій відповідно до пункту 198.5 статті 198 цього Кодексу база оподаткування за товарами/послугами - виходячи з вартості їх придбання.

Податківці в своїх роз'ясненнях також згадують таку норму.
Для операцій платника податку з постачання на митній території України товарів, раніше ввезених таким платником податку на митну територію України, база оподаткування визначається за загальним правилом – виходячи з їх договірної вартості, але не нижче ціни придбання, без урахування величини митної вартості.
https://zak.tax.gov.ua/media-ark/news-ark/953453.html
https://zir.tax.gov.ua/main/bz/view/?src=ques&id=42362

Додаткові витрати транспортування, брокер тощо) формують додаткові витрати для собівартості (первісної вартості), але при цьому не змінюють договірну ціну придбання. Тим більше, що ви не використовували право по них на податковий кредит, тобто немає чого компенсувати при списанні.

Так як прямої норми законодавство не містить, а митна вартість розраховується лише в цілях митного оформлення, то ви можете або спробувати отримати ІПК по вашій ситуації, або розрахувати саме з договірної вартості, або пропорційно ще й додати всі супутні послуги, хоча за ними фактично ви не отримували ПДВ

Раді допомогти, звертайтесь ще!