При операціях з нерухомим майном, в тому числі з землею, де однією стороною виступає фізична особа, такий договір підлягає нотаріальному посвідченню. Також ви як ТОВ виступаєте в ролі податкового агента по відношенню до фіз.особи.

Якщо продавцем земельної ділянки є фізична особа, а покупцем ТОВ, то такий договір купівлі-продажу підлягає нотаріальному посвідченню.
Також в разі такої купівлі у фізичної особи ТОВ виступає в ролі податкового агента, тому повинен утримати за рахунок фізичної особи та перерахувати в бюджет ПДФО за ставкою 5% та військовий збір за ставкою 5%.
Якщо ж для такої фізичної особи це протягом року продаж третього чи більше об'єкта нерухомості (а земля теж в даному випадку підпадає під визначення нерухомості), то ставка ПДФО становить 18%.
При чому, якщо така земельна ділянка не є землями сільськогосподарського призначання, не була передана в рамках безоплатної передачі на підставі ст.121 Земельного кодексу https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/2768-14#n1031, то пільгове оподаткування за ставкою 0% ПДФО, що вказаний в ст. 172.1 ПКУ, при першому продажу протягом року та за умови перебування у власності більше 3 років, на такі земельні ділянки не розповсюджується.
Тому у вашому випадку, ви повинні утримати такі податки та перерахувати в бюджет до моменту нотаріального посвідчення договору, адже ви зазначили, що землі так званого комерційного використання.
Решту суми (після утримання податків) ви перераховуєте на банківський рахунок продавця-фізичної особи.

Для визначення бази оподаткування повинна бути проведена грошова оцінка такої земельної ділянки. Адже в разі, якщо сума продажу буде менше такої оцінки, то податки нараховуються саме від грошової оцінки як бази.
Такі утримані податки та виплати фіз.особі відображаються також в додатку 4ДФ звіту з ЄСВ з кодом 104.

Додатково до вказаних податків також сплачуються послуги нотаріального посвідчення або державне мито в розмірі 1% (якщо така угода посвідчується державним нотаріусом), а також адміністративний збір за державну реєстрацію права власності в Державному реєстрі речових прав на нерухоме майно.
Щодо подробиць такої сплати та необхідних документів ви можете уточнити безпосередньо в нотаріуса за місцем реєстрації правочину.