Ситуація дивна. Якщо згідно реєстру платників ЄП такий покупець є платником ЄП 3 групи за ставкою 5, то він не можу бути платником ПДВ. Тобто, в якомусь із реєстрів помилка. Запросіть у покупця витяг з Реєстру платників ПДВ.

Якщо все-таки виявиться, що покупець є платником ПДВ, то потрібно приймати рішення з огляду на такі ризики. Якщо покупець не буде скаржитися в ДПС на вас, що на нього не були зареєстровані ПН, то помилка може бути виявлена тільки під час документальної перевірки. І тут вже все залежить від позиції перевіряючих. ТОбто, вам можуть або "пробачити" таку помилку, адже ПН ви реєтрували (хоч і на неплатника) і зобов'язання не занизили.

Але за фіскального підходу (хоч і малоймовірно), але є ризик, що випишуть штарф за неоформлення ПН на платника ПДВ. Такий штраф становить 50 % суми ПДВ, зазначеної в ПН (п. 120-1.2 ПКУ https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/2755-17/ed20251005#n10585).

Якщо вирішите випсиувати ПН на платника, то ПН, що виписані на неплатника потрібно буде анулювати шляхом оформлення РК із кодом причини коригування 103.

Раді допомогти, звертайтесь ще!