Ні, при операції повернення товару постачальнику прибуток виникати не повинен, оскільки це не є операцією продажу. Ваша бухгалтерська програма, ймовірно, некоректно відображає операцію через особливості методу FIFO. Повернення слід відображати за ціною первісного придбання у цього конкретного постачальника, а різницю, що виникає через вищу облікову вартість поточної партії, необхідно відкоригувати, списавши її на собівартість реалізації.

Операція повернення товару постачальнику за своєю суттю є розірванням або зміною умов договору купівлі-продажу, а не новою операцією з продажу. Тому вона має відображатися в обліку як сторнування (скасування) первісної операції з придбання.

1. Чому програма нараховує прибуток?

Метод FIFO («first-in, first-out») передбачає, що запаси, які надійшли першими, вибувають першими. У вашому випадку:

Партія зерна, придбана раніше за нижчою ціною, була експортована (тобто списана з обліку).
На залишку залишилася партія, придбана пізніше за вищою ціною.
При оформленні повернення постачальнику програма списує з балансу товар за його поточною обліковою вартістю (вищою), а заборгованість перед постачальником зменшує на суму первісної закупівлі (нижчу). Різниця між цими сумами помилково трактується як прибуток.
2. Як правильно відобразити операцію в бухгалтерському обліку?

Повернення товару постачальнику має відображатися за тією ж ціною, за якою цей товар був у нього придбаний, незалежно від поточної облікової вартості залишків на складі.

Крок 1. Відображення повернення товару за первісною вартістю.

Операцію повернення слід відобразити методом «червоне сторно» або зворотним записом. Наприклад, сторнуванням:

Дт 28 «Товари» Кт 631 «Розрахунки з вітчизняними постачальниками» — на суму вартості повернутого товару без ПДВ за ціною первісного придбання (методом «сторно»).
Дт 641/ПДВ Кт 631 «Розрахунки з вітчизняними постачальниками» — на суму ПДВ, що припадає на повернутий товар (методом «сторно»). Це коригування податкового кредиту.
Крок 2. Коригування різниці у вартості.

Оскільки облікова вартість партії, що фізично повертається, вища за вартість первісної закупівлі, на рахунку 28 «Товари» виникне різниця. Цю різницю слід списати на собівартість реалізованої продукції, оскільки вона по суті є коригуванням собівартості раніше проданих товарів.

Дт 902 «Собівартість реалізованої продукції» Кт 28 «Товари» — на суму різниці між обліковою вартістю повернутого товару (за методом FIFO) та його первісною вартістю придбання.
Такий підхід дозволяє коректно відобразити операцію без викривлення фінансового результату.

Приклад (умовні цифри):

Придбано у постачальника 100 т зерна по 8 000 грн/т.
Придбано у іншого постачальника 100 т зерна по 9 000 грн/т.
Експортовано 100 т. За методом FIFO списано партію вартістю 8 000 грн/т.
На залишку обліковується 100 т зерна за вартістю 9 000 грн/т.
Прийнято рішення повернути першому постачальнику 50 т.
Неправильно (як робить програма):

Списання з Дт 28: 50 т * 9 000 грн = 450 000 грн.
Зменшення боргу перед постачальником (Кт 631): 50 т * 8 000 грн = 400 000 грн.
Програма показує фінансовий результат (прибуток) 50 000 грн.
Правильно (ручне коригування):

Дт 28 Кт 631 — (-) 400 000 грн (повернення за ціною придбання, сторно).
На рахунку 28 залишається різниця: 450 000 грн (облікова вартість) - 400 000 грн (вартість повернення) = 50 000 грн.
Дт 902 Кт 28 — 50 000 грн (списання різниці на собівартість).
Податкові наслідки:

Податок на прибуток: Податковий кодекс України не передбачає спеціальних коригувань фінансового результату для таких операцій. Облік ведеться повністю за правилами бухгалтерського обліку. Оскільки при правильному відображенні прибуток не виникає, об'єкт оподаткування не збільшується.
ПДВ: При поверненні товару ви зобов'язані відкоригувати (зменшити) суму податкового кредиту, раніше відображеного при придбанні. Постачальник має скласти розрахунок коригування до податкової накладної, який ви повинні зареєструвати в ЄРПН.

Раді допомогти, звертайтесь ще!