Тут мова йде про митну вартість. Це "умовна" вартість, з якої сплачуються митні платежі. Вона розхраховується при митному оформленні і митниця може збільшити її, зокрема з підстав, які ви навели. Тобто, це розрахункова величина, яка слугує базою для нарахування мита та ПДВ. Вона не обов'язково буде дорівнювати собівартості в загальному випадку.

Собівартість складається з: суми за інвойсом, витрат на транспортування, брокерських, мита , інших витрат, пов'язаних із придбанням (а у разі якщо ви неплатник ПДВ - то і ПДВ спалчений на митниці), та інших витрат , пов'язаних із приданням)

Сама митна вартість - тобто це "збільшення" порівняно із контрактною - ніде по обліку не проходить! ви його в бухобліку не відмічаєте.

Формула така: Митна вартість х ставка мита = мито.

(Митна вартість +мито) х 20% = ПДВ

Ці розрахунки ви можете бачити в графі 028 митної деклараціїї.

Осікльки згідно з Національним положенням (стандартом) бухгалтерського обліку 9 "Запаси", п. 9, до первісної вартості запасів, що придбані за плату, включаються суми ввізного мита та інші податки і збори, що не відшкодовуються підприємству - то сума мита вклчюається до первісної вартості імортованог товару.

А сума ПДВ, яка була нарахована - включається до податкового кредиту, якщо підприємство є платником ПДВ.

Ніякого "зайвого" залишку по дебету ані по рахунку ПДВ, ані по рахунку мита не залишається. Тобто Дт по рахунку ПДВ - це податковий кредит, він не висить, а примає участь у обороті з ПДВ.
(ПДВ зазвичай обліковується на субрахунку 6412 або 6415 — залежно від облікової політики підприємства; мито — найчастіше на рахунку 642. Це уточнення, оскільки у вас було вказано 6415 — ймовірно, йшлося саме про ПДВ.)

Включити імпортний ПК потрібно в декларацію з ПДВ за той період, у якому відбулася сплата ПДВ і оформлення МД

Длоя єдинника - якщо ви на спрощеній системі без ПДВ - для платника єдиного податку (юрособи), який не є платником ПДВ, сума сплаченого при імпорті ПДВ включається до первісної вартості товару. Це збільшує собівартість імпортованих запасів.

Раді допомогти, звертайтесь ще!