Необхідність виписки податкової накладної при перевищенні суми платежу

Так, потрібно.
У комісійній торгівлі ПДВ-зобов’язання комітента визначаються не за вартістю, за якою він передав товар комісіонеру, а за фактичною сумою, яку отримає від реалізації (в тому числі комісійну винагороду).
У вашому випадку:
- товар проданий за 15 000 грн (включаючи ПДВ) — саме ця сума є базою оподаткування ПДВ.
- перша ПН була виписана на 10 000 грн — отже, потрібно донарахувати ПДВ на 5 000 грн. Відповідно до п. 189.4 Податкового кодексу України (ПКУ):
"У разі постачання товарів/послуг за договорами комісії база оподаткування визначається за договірною вартістю товарів/послуг, що сплачена (підлягає сплаті) покупцем, без урахування суми комісійної винагороди."
Тобто, 15 000 грн — це повна база для ПДВ, і саме на цю суму комітент має нарахувати податкові зобов’язання.

Платник податків, який самостійно (у тому числі за результатами електронної перевірки) виявляє факт заниження податкового зобов’язання минулих податкових періодів, зобов’язаний, у разі надіслання уточнюючого розрахунку сплатити суму недоплати та штраф у розмірі 3 відс. від такої суми до подання такого уточнюючого розрахунку. https://if.tax.go v.ua/media-ark/news-ark/910581.html

Пунктом 120.2 ПКУ визначено, що невиконання платником податків вимог, передбачених абзацами третім – п’ятим п. 50.1 ПКУ, щодо умов самостійного внесення змін до податкової звітності в частині самостійного нарахування та сплати штрафу, передбаченого цим пунктом, – тягне за собою накладення штрафу в розмірі 5 відсотків від суми самостійно нарахованого заниження податкового зобов’язання (недоплати) та / або іншого зобов’язання, контроль за сплатою якого покладено на контролюючі органи.
При самостійному донарахуванні платником податків з дотриманням порядку, вимог та обмежень, передбачених ст. 50 ПКУ, суми податкових зобов’язань та/або іншого зобов’язання, контроль за сплатою якого покладено на контролюючі органи, штрафи, передбачені главою 11 ПКУ, не застосовуються.
При цьому відповідно до пп. 69.38 п. 69 підрозділу 10 розділу ХХ «Перехідні положення» ПКУ тимчасово, на період з 1 серпня 2023 року до припинення або скасування воєнного стану на території України, у разі самостійного виправлення платником податків з дотриманням порядку, вимог та обмежень, визначених ст. 50 ПКУ, помилок, що призвели до заниження податкового зобов’язання, такий платник звільняється від нарахування та сплати штрафних санкцій, передбачених п. 50.1 ПКУ, та пені. https://7eminar.ua/news/2249-ipk

Раді допомогти, звертайтесь ще!