В обговорюваному випадку мова йде про дві окремі операції.

По-перше, у Вас, судячи із запитання, "висить" не закрита кредиторка в сумі 1000 грн. Тому щодо неї зауважимо таке. Почнемо з того, що податківці неодноразово вже наголошували, що в прибутковому обліку списання кредиторської заборгованості слід відображати виключно за правилами бухобліку (див., наприклад, консультацію у категорії 102.12 ЗІР - https://zir.tax.gov.ua/main/bz/view/?src=ques&id=41188).

Відповідно до п. 5 НП(С)БО 11 - https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/z0085-00#Text зобов'язання визнається, якщо його оцінка може бути достовірно визначена та існує ймовірність зменшення економічних вигод у майбутньому внаслідок його погашення. Якщо на дату балансу раніше визнане зобов'язання не підлягає погашенню, то його сума включається до складу доходу звітного періоду.

Отже, як бачите, в бухобліку кредиторка формально підлягає списанню до складу доходу (Дт 631 Кт 717) саме тоді, коли підприємство приймає рішення про те, що воно її більше не погашатиме (це, до речі, з метою оподаткування заборгованість можна визнати безнадійною, зокрема, якщо за нею пройшов строк позовної давності - див. пп. "а" пп. 14.1.11 ПКУ). Тобто для бухобліку строк позовної давності як такий взагалі не важливий. Головне, планує підприємство погашати таку кредиторку чи ні.

Таким чином, якщо Ваше підприємство не планує доплачувати означені суми, то, на наш погляд, таку кредиторку доречно списати у тому періоді, коли прийнято таке рішення. А для більшої надійності можна отримати офіційного листа від контрагента, що він Вам пробачає таку суму (адже саме з його вини, судячи із запитання, не зареєстровано податкову накладну).

Щодо списання непідтвердженого податкового кредиту відмітимо таке. Загалом непідтверджений податковий кредит включають до складу витрат. Але роблять це не тоді, коли заманеться, а після того, як підприємство назавжди втрачає право віднести вхідний ПДВ до складу податкового кредиту. Саме тоді воно може включити його до складу витрат. У бухзаписах це показують так: Дт 949 Кт 6442. І робити такий запис ще раз підкреслимо треба саме у тому звітному періоди, коли назавжди втрачено право на податковий кредит.
Відповідно до п. 198.6 ПКУ - https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/2755-17#n4931 "Не відносяться до податкового кредиту суми податку, сплаченого (нарахованого) у зв’язку з придбанням товарів/послуг, не підтверджені зареєстрованими в Єдиному реєстрі податкових накладних податковими накладними/розрахунками коригування до таких податкових накладних чи не підтверджені митними деклараціями (тимчасовими, додатковими та іншими видами митних декларацій, за якими сплачуються суми податку до бюджету при ввезенні товарів на митну територію України), іншими документами, передбаченими пунктом 201.11 статті 201 цього Кодексу".
При цьому право на включення вхідного ПДВ до складу податкового кредиту зберігається за платником протягом 365 календарних днів з дати складення податкових накладних/розрахунків коригування до таких податкових накладних.
Проте, тут є два важливі правила, які слід врахувати. По-перше, у разі зупинення реєстрації податкової накладної / розрахунку коригування в Єдиному реєстрі податкових накладних згідно з п. 201.16 ПКУ перебіг 365-денного строку переривається на період зупинення реєстрації таких податкових накладних / розрахунків коригування в Єдиному реєстрі податкових накладних (п. 198.6 ПКУ).
По-друге, на період з 24.02.2022 р. по 31.07.2023 р. (включно) перебіг 365 денного строку взагалі переривався (пп. 69.9 підрозділу 10 р. ХХ ПКУ). Тому цей час (тобто з 24.02.2022 р. по 31.07.2023 р.) під час обрахунку вказаних 365 календарних днів не потрібно враховувати.

Як ми зрозуміли із запитання, контрагент податкову накладну взагалі не зареєстрував і скоріш за все вже цього й не зроббить. Значить після спливу 365 календарних днів з моменту виписки податкової накладної такий не підтверджений податковий кредит треба було списати на витрати. Однак оскільки Ви вчасно цього не зробили, то це варто зробити через механізм виправлення помилки. Тобто доречно оформити бухдовідку, вказати в ній причину помилки і зробити убхзапис: Дт 44 Кт 6442.

Раді допомогти, звертайтесь ще!