Вважаємо, що у Вас сплата ПДВ до бюджету відбулася за Рішенням митного органу згідно ст. 55 МКУ (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/4495-17?find=1&text=90+%D0%B4%D0%BD%D1%96%D0%B2#n845):

"Стаття 55. Коригування митної вартості товарів

...7. У випадку незгоди декларанта або уповноваженої ним особи з рішенням митного органу про коригування заявленої митної вартості товарів митний орган за зверненням декларанта або уповноваженої ним особи випускає товари, що декларуються, у вільний обіг за умови сплати митних платежів згідно з митною вартістю цих товарів, визначеною декларантом або уповноваженою ним особою, та забезпечення сплати різниці між сумою митних платежів, обчисленою згідно з митною вартістю товарів, визначеною декларантом або уповноваженою ним особою, та сумою митних платежів, обчисленою згідно з митною вартістю товарів, визначеною митним органом, шляхом надання забезпечення сплати митних платежів відповідно до розділу Х цього Кодексу на строк 90 днів з дня випуску товарів.

...11. У разі якщо митним органом протягом строку, зазначеного у частині дев’ятій цієї статті, надано обґрунтовану відмову у визнанні заявленої митної вартості з урахуванням додаткових документів або якщо протягом строку, зазначеного у частині восьмій цієї статті, декларант або уповноважена ним особа не надала митному органу додаткові документи для підтвердження заявленої ним митної вартості товарів, що декларуються, кошти, внесені/переказані як грошова застава у розмірі суми митних платежів, перераховуються до державного бюджету в рахунок сплати відповідних митних платежів наступного робочого дня після закінчення строку, визначеного у частині сьомій цієї статті."

Отже, в гружні 2024 у вас закінчився строк 90 днів з дня митного оформлення товарів, і рішення суду до цієї дати не набуло чинності. Відповідно, кошти на мито та ПДВ з переплати у митніці були списані в бюджет.

За це Ви отримали право на податковий кредит по ПДВ (сума ПДВ з`явился у Вас на ліміті реєстрації).

ЗІР (101.24, https://zir.tax.gov.ua/main/bz/view/?src=ques&id=42091):

"Як платнику ПДВ в податковій декларації з ПДВ відобразити коригування (збільшення/зменшення) заявленої митної вартості товарів, які ввозяться на митну територію України у митному режимі імпорту?
Відповідь:
У випадку, коли після митного оформлення товарів, поміщених у митний режим імпорту, змінюється величина митної вартості цих товарів (зменшення митної вартості за рішенням суду або митним органом прийнято рішення про коригування (зменшення) заявленої митної вартості товарів), коригування податкового кредиту, що проводиться у зв’язку зі зміною митної вартості товарів, на дату набуття рішення суду законної сили або на дату прийняття відповідного рішення, відображається на підставі аркуша коригування до митної декларації у рядку 11.1, 11.2 чи 11.3 (в залежності від ставки) податкової декларації з ПДВ (далі – декларація) зі знаком «мінус».
Якщо митним органом прийнято рішення про коригування (збільшення) заявленої митної вартості товарів, то коригування податкового кредиту, що проводиться у зв’язку зі зміною митної вартості товарів, відображається у рядку 11.1, 11.2 чи 11.3 (в залежності від ставки податку) декларації на дату сплати ПДВ на підставі аркуша коригування до митної декларації..."

Отже, у Вас має бути аркуш коригування до МД, складений митним органом, на збільшення митної вартості товарів та відповідно, на збільшення суми імпортного ПДВ.

Отже, у Вас могла бути така ситуація:

1) Ви сплатили забезпечення по ст. 55 МКУ, але ще не пройшли 90 днів:

в обліку - Дт 377/митниця Кт 311 - оплата на суму забезпечення мита та імпортного ПДВ

але в бюджет ці суми ще не зараховані, права на податковий кредит немає

2) пройшли 90 днів, кошти списані до бюджету, митник склав аркуш коригування - Вам нарахували мито та імпортний ПДВ. Має бути аркуш коригування до МД, складений митним органом, на збільшення митної вартості товарів та відповідно, на збільшення суми імпортного ПДВ. В обліку:

Дт 6412 Кт 377/митниця - отримано право на податковий кредит - ставите в декларацію в місяць, коли це відбулося

Дт 39 Кт 377/митниця - мито, якщо Ви надалі збираєтесь судитися за повернення коштів

3) відсудилися і виграли суд, оформили аркуш коригування на митницю зменшили митні платежі:

Дт 6412 Кт 377/митниця - сторно - зменшили ПДВ та податковий кредит. Внесли дані з "-" в декларацію по ПДВ поточного місяця

Дт 39 Кт 377/митниця - сторно - зменшили суму мита

Дт 311 Кт 377/митниця - митниця повернула кошти на рахунок

Якщо це відбудеться в січні 2025, то зменшення на підставі аркушу коригування проведете з мінусом в ряд. 11.1

Додатково рекомендуємо отримати ІПК.

Раді допомогти, звертайтесь ще!