Так, будуть, якщо ви не подавали повідомлення про неможливість виконання своїх податкових обов'язків

Податківці в ЗІР (категорія 129.03) роз'яснюють, що в разі мобілізації керівника та неможливосі ним виконання своїх податкових обов'язків потрібно в ЄДР внести зміни про уповноважену особу, яка має право діяти від імені підприємства, в тому числі і подавати звітність.
https://zir.tax.gov.ua/main/bz/view/?src=ques&id=43686

Якщо ж така уповноважена особа не була внесена чи не змінили керівника взагалі, то відповідальність за несвоєчасну подачу звітності може бути застосована.

Також ви можете спробувати скористатися правом подати заяву та підтверджуючі документи про неможливість виконання податкових обов'язків на підставі п.69.1 підрозділу 10 перехідних положень ПКУ.
https://sumy.tax.gov.ua/media-ark/news-ark/print-860816.html
В разі прийняття позитивного рішення контролюючим органом такі штрафні санкції не будуть застосовуватися.

Але варто звернути увагу, що якщо така ГО фактично здійснювала діяльність, подавала інші звіти, проводила платежі тощо, то в такому разі податківці можуть наполягати саме на призначенні уповноваженої особи замість директора, який проходить військову службу.

Раді допомогти, звертайтесь ще!