Ні, ця операція не впливає на розрахунок частки сільгосптоваровиробництва (75%), але за умови її правильного відображення в обліку.

Чому це не впливає на "Сільгоспчастку"
Частка сільгосптоваровиробництва (Розрахунок за пп. 298.8.3 ПКУ) базується на співвідношенні доходу від реалізації власної продукції до загального доходу підприємства.

Згідно зі ст. 298.8.3 ПКУ

https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/2755-17#n7213

Отримання добрив (позика): Це не є доходом. Це виникнення зобов'язання (кредиторська заборгованість).
Повернення добрив: Це погашення зобов'язання. Оскільки ви повертаєте таку саму кількість і такий самий вид товару, ця операція не є реалізацією (продажем) у класичному розумінні для цілей 75%, бо вона не створює доходу від реалізації товарів/послуг.

Різниця 5 тис. грн на 949 рахунку: Це ваші витрати. Витрати взагалі не беруть участі в розрахунку частки 75%, оскільки цей показник рахується виключно за доходами (Кт 70, 712 тощо).

Порада щодо проводок:
Щоб операція точно не зачепила частку 75%, облік має виглядати так:

Дт 208 — Кт 685 (25 000) — отримано добрива.
Дт 685 — Кт 208 (25 000) — повернуто добрива.
Дт 949 — Кт 208 (5 000) — списано різницю у вартості добрив.
Дт 949 — Кт 641/ПДВ — нараховано ПДВ на операцію повернення (якщо ви платник ПДВ).
Підсумок
Оскільки 5 000 грн пішли на витрати (949 рахунок), вони не збільшують загальний дохід і не зменшують частку сільгосппродукції. Операція є безпечною для вашого статусу платника 4 групи.

Раді допомогти, звертайтесь ще!