У разі продажу комерційної нерухомості із земельною ділянкою, це рахується як два окремих об’єкта.

ПДФО нараховується як за один об'єкт (ПДФО 5 %), а за другий об'єкт - 18 %.

Абзацом першим п. 172.2 ст. 172 ПКУ встановлено, що дохід, отриманий платником податку від продажу протягом звітного (податкового) року, зокрема, об’єкта нерухомості, не зазначеного у п. 172.1 ст. 172 ПКУ, підлягає оподаткуванню за ставкою 5 відс., визначеною п. 167.2 ст. 167 ПКУ.

Дохід, отриманий платником податку від продажу протягом звітного (податкового) року, зокрема, другого та наступних об’єктів нерухомості, не зазначених у п. 172.1 ст. 172 ПКУ, підлягає оподаткуванню за ставкою 18 відс., визначеною п. 167.1 ст. 167 ПКУ, крім випадків, якщо зазначене у цьому абзаці майно отримано платником податку у спадщину (абзац третій п.172.2 ст. 72 ПКУ) (https://zir.tax.gov.ua/main/bz/view/?src=ques&id=41017).

Також роз'яснення з цього питання див. тут https://7eminar.ua/news/3090-ipk.