Заголовок тимчасово відсутній

Все залежить від того, коли нараховано та визнано Вами цю пеню.

Відповідно до п. 20 НП(С)БО 16 - https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/z0027-00#o39 визнані штрафи, пені та неустойки відносять до інших операційних витрат. Для їхнього бухобліку призначено субрахунок 948 «Визнані штрафи, пені, неустойки». Саме на ньому, судячи з пояснень до Інструкції № 291 - https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/z0893-99#n1077, треба акумулювати визнані економічні санкції за невиконання підприємством законодавства та умов договорів. Тобто, в дебет субрахунку 948 необхідно включати як податкові, так і договірні штрафи.
Таким чином, нараховану Вам пеню необхідно було показувати за дебетом рахунку 948 за фактом її визнання Вашим підприємством. Відтак, якщо таку пенію Вам нарахували ще в минулих роках і Ви її не оскаржували (тобто, по суті, визнали), то наразі її в бухобліку дійсно варто показати так: Дт 44 Кт 642. Адже мова йде про невідображення витрат минулих років.

Якщо ж цю пеню податкова Вам нарахувала тільки цього року, то в такому разі можна робити запис: Дт 948 Кт 642 (навіть, попри те, що пеня ще за періоди з 2015 року). Бо ж тільки зараз (тобто цього року) відбулося нарахування та визнання таких сум.

Раді допомогти, звертайтесь ще!