Заголовок тимчасово відсутній

Так, реєструвати ПН по оплаті, що надійшла як оплата за рахунок бюджетних коштів - це Ваш обов`язок.

Це визначено п. 187.7 ПКУ (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/2755-17#n4528):
"187.7. Датою виникнення податкових зобов'язань у разі постачання товарів/послуг з оплатою за рахунок бюджетних коштів є дата зарахування таких коштів на рахунок платника податку в банку/небанківському надавачу платіжних послуг або дата отримання відповідної компенсації у будь-якій іншій формі, включаючи зменшення заборгованості такого платника податку за його зобов'язаннями перед бюджетом."

ПОРЯДОК відкриття аналітичних рахунків для обліку операцій з виконання бюджетів у системі Державної казначейської служби України, затверджений Наказом Державної казначейської служби України
27 грудня 2013 року № 217 (https://zakon.rada.gov.ua/rada/show/v0217840-13?find=1&text=343#w1_1) визначає структуру бюджетних рахунків, які відкриваються держказначейством в т.ч для фінансування витрат бюджету на оплату товарів/послуг.

При цьому в структурі номеру рахунку (формат IBAN) з якого мають оплачуватись Ваші поставки після коду МФО банку і ще одного символу рахунку мають стояти цифри 343 (ознака фінансування за рахунок держбюджету) або 344 (ознака фінансоування за рахунок місцевого бюджету), відповідно до Плану рахунків бухгалтерського обліку в державному секторі, затвердженого наказом МФУ від 31.12.2013 № 1203 (https://zakon.rada.gov.ua/rada/show/z0161-14?find=1&text=%D0%BF%D0%BE%D0%B4%D0%B0%D1%82%D0%BA#Text)

Бажано, щоб відразу в договорі було сказано, що оплата буде відбуватися за рахунок бюджетних коштів.

Оскільки якщо це будуть небюджетні кошти, то у Вас ПЗ виникають за "першою подією" за ст. 187 ПКУ на загальних підставах

На нашу думку, якщо договором було передбачено, що оплата буде здійснюватись з бюджетного рахунку, то постачальник вже мав розуміти, то ПЗ у нього будуть виникати за касовим методом - на дату зарахування коштів (п. 187.7 ПКУ),
Тому складені Пн за першою подією (на дату відвантаження товару) - є помилковими.
А от правильні ПН (на дату отримання оплати) не складені і не зареєстровані в ЄРПН.
Тому при перевірці можливі штрафи за нереєстрацію ПН - 50 % суми ПДВ (п. 120-1.2 ПКУ), ), крім того, дати акту та оплати можуть бути в різних періодах – відповідно деть буде завищений ряд. 18, а десь – занижений. Це також буде призводити до штрафів при перевірці.

Раді допомогти, звертайтесь ще!