Відповідь на запитання: зараз працюєте як ТОв на загальній системі але без ПДВ (набираєете обсяги для обов'язкової реєстрації). Переплату по ПДВ нікуди поки не списуйте. Вона висить в електронному кабінеті і у Вас на Дт 6412. Може колить згодиться на сплату штрафів по ПДВ (це якщо дійсно переплата вже в бюджеті), Якщо це залишок на електронному рахунку, то він мав бути перерахований Вам на переплату на бюджет. Порядок № 569:

"27. Залишок коштів на електронному рахунку платника податку після розрахунків з бюджетом за результатами останнього звітного (податкового) періоду перераховується до бюджету.

Якщо залишок коштів на електронному рахунку, який після анулювання реєстрації платника податку перераховано до бюджету, перевищує суми узгоджених податкових зобов’язань з податку за результатами останнього звітного (податкового) періоду, такі суми повертаються з бюджету в порядку, передбаченому статтею 43 Кодексу, за заявою платника податку."

Раді допомогти, звертайтесь ще!