Вказування коду 49.41 у податковій та акті наданих послуг

Теоретично — так, але це не вирішить проблему ставки ПДВ.

Якщо ви вкажете два рядки з кодом 49.41, то:

Перший рядок буде «Міжнародне перевезення» зі ставкою 0% (транзитна сума, яку ви платите реальному перевізнику).
Другий рядок буде «Послуги з організації перевезення» (ваша маржа). Оскільки ви виступаєте експедитором, ваша винагорода за законом оподатковується за ставкою 20%.

Якщо ви використаєте код 49.41 для своєї винагороди і нарахуєте 20% ПДВ, це виглядатиме суперечливо, оскільки послуга 49.41 (вантажний автомобільний транспорт) у міжнародному сполученні має оподатковуватися за ставкою 0%. Це може бути розцінено як помилка в кодуванні.

Для винагороди експедитора (вашої маржі) слід використовувати код 52.29, навіть якщо у вас немає такого КВЕДу. Це відповідає суті операції.

В Акті треба робити два рядки, як і в податковій. Згідно з правилами бухгалтерського та податкового обліку, дані податкової накладної повинні повністю відповідати даним первинного документа (Акта).

Якщо в Акті буде один рядок «Міжнародне перевезення» на всю суму під 0%, а в податковій накладній (ПН) ви розіб'єте її на два рядки з різними ставками (0% та 20%), виникне розбіжність між первинним документом та ПН. Це може стати підставою для визнання такої ПН недійсною.
Якщо в Акті буде вказано лише 0%, ви фактично приховаєте свій дохід від експедирування, який має оподатковуватися за ставкою 20%.

Раді допомогти, звертайтесь ще!