Як правильно віднести ПДВ до рахунків за двома актами

Ви вчинили правильно, склавши одну податкову накладну (ПН) на загальну суму платежу. Згідно з правилами податкового обліку, одна оплата одним платіжним документом вимагає складання однієї ПН.

Незважаючи на те, що ПН одна, у її табличній частині (Розділ Б) ви маєте розписати номенклатуру робіт у розрізі обох рахунків або актів:

Рядок 1: Роботи згідно з рахунком/актом №1 (кількість, ціна, сума).
Рядок 2: Роботи згідно з рахунком/актом №2 (кількість, ціна, сума).

У бухгалтерських програмах податкова накладна зазвичай створюється на підставі документа, що зафіксував «першу подію».

Якщо перша подія — оплата: ПН створюється на підставі «Платіжної інструкції (вхідної)». У структурі підпорядкованості вона буде прив'язана саме до банківського документа.
Якщо перша подія — акти: ПН складається на загальну суму за день. У такому разі вона може бути виписана як окремий документ або прив'язана до одного з актів, але на повну суму обох операцій.
Типові бухгалтерські проведення:

Отримання оплати: Дт 311 — Кт 681 (на загальну суму платежу).
Нарахування податкових зобов'язань (ПН): Дт 643/1 — Кт 641/ПДВ.
Залік авансу при підписанні актів:

Акт №1: Дт 361 — Кт 703; Дт 703 — Кт 643/1; Дт 681 — Кт 361.
Акт №2: Дт 361 — Кт 703; Дт 703 — Кт 643/1; Дт 681 — Кт 361.

Щоб програма коректно «бачила» закриття заборгованості, у платіжному документі в розділі «Розшифровка платежу» варто вказати два об'єкти розрахунків (два рахунки або два договори/акти) із відповідним розподілом сум. Тоді одна ПН, виписана на підставі цієї платіжки, автоматично закриє податкові зобов'язання за обома напрямками.

Раді допомогти, звертайтесь ще!