Так, ви все зробили правильно. Проте є одне уточнення, яке може вважатися серйозною помилкою і потребує виправлення.

Із суті викладеного вами стає зрозуміло, що за умовами тристороннього договору бюджетна установа є вантажоотримувачем товарів. Проте її не можна вважати покупцем у повному розумінні цього визначення, оскільки фактично платником є інше ТОВ (платник ПДВ). Для ПДВ має значення хто є покупцем і хто здійснює оплату, а не фізичний отримувач товару.

Якщо оплата здійснюється небюджетною особою, постачання не вважається таким, що оплачується за рахунок бюджетних коштів, незалежно від того, хто є отримувачем товару. Тому ви правильно зробили, що зареєстрували ПН по першій події. Проте тут є один важливий момент - на кого ви зареєстрували ПН, оскільки потрібно було реєструвати саме на платника (ТОВ), а не на отримувача (бюджетну установу). В такому випадку недостатньо зробити внутрішню перекидку в бухобліку (Дт 6432 (платник) Кт 6431 (платник)). Потрібно виправити інформацію в ЄРПН. Для цього складіть РК на мінус по складеній на бюджетну установу ПН і зареєструйте ПН на платника ТОВ (за датою відвантаження товару).

Раді допомогти, звертайтесь ще!