ПДВ та репатріація податків при оплаті послуг нерезиденту

Ні, ПДВ на таку компенсацію витрат ви не нараховуєте, лише на свою експедиторську винагороду.
Норми, що регулюють визначення місця постачання послуг та відповідно необхідність нарахування ПДВ викладені в ст.186 ПКУ і визначаються окремо для кожної послуги. Крім того, в Узагальнюючій податковій консультації №610, що присвячена саме траспортно-експедиторській діяльності, зазначено, що експедитор "перевиставляє" послуги залучених підрядників (перевізників, інших експедиторів) за тією ставкою, за якою такі послуги отримані.
https://tax.gov.ua/zakonodavstvo/podatkove-zakonodavstvo/nakazi/61681.html

Відповідно до пп. "а" пп. 186.2.1 ПКУ місцем постачання допоміжних послуг у транспортній діяльності (навантаження, розвантаження, складська обробка тощо) є місце їх фактичного надання. Це зокрема стосується послуг портових зборів на термінальне оброблення. Оскільки послуги надані у Варшаві, вони не є об'єктом оподаткування ПДВ, адже місце постачання - за межами митної території України.

Місце постачання послуг із перевезення визначається за місцем реєстрації постачальника (п. 186.4 ПКУ). Оскільки перевізник — нерезидент, операція не є об'єктом оподаткування ПДВ.
https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/2755-17#n4496

Оскільки ви як експедитор отримали ці послуги від нерезидента без ПДВ (місце постачання — поза межами митної території України), то перевиставляєте їх клієнту також без ПДВ. Базою оподаткування ПДВ буде лише ваша власна винагорода, яка оподатковується за ставкою 20% (якщо замовник — резидент України) згідно з пп. "ж" пп. 186.3 ПКУ. Тому для уникнення потім суперечностей варто в первинних документах окремо розділяти всі ці послуги, а не вписувати загальною сумою. Адже в тому разі, якщо такого розділення не буде, податкова може трактувати всі послуги як такі, що надані на території України вами безпосередньо і вимагати сплати 20% ПДВ з усієї суми, в тому числі з транзитних коштів, які перераховуються нерезиденту.

Що стосується податку на репатріацію. В цілому під такий податок можуть потрапляти послуги перевезення. Адже в розумінні ПКУ такі послуги є фрахтом.(п.14.1.260 ПКУ).
А фрахт оподатковується за ставкою 6% (п.141.4.4 ПКУ). І такий податок утримується з нерезидента при перерахуванні йому коштів за перевезення, а не нараховується зверху.
Право не утримувати цей податок (застосувати ставку 0%) може бути лише якщо польська компанія надасть оригінал довідки (або її легалізовану копію), що підтверджує її статус податкового резидента Польщі, та є бенефіціарним отримувачем доходу (ст. 103 ПКУ). Це передбачено Конвенцією між Україною та Польщею про уникнення подвійного оподаткування.

Раді допомогти, звертайтесь ще!