У такому разі, якщо був податковий борг і мова йде не про території активних бойових дій, пеня дійсно нараховується.

Якщо податкове зобовязання було зменшено, то слід подавати УД. Однак несвоєчасно сплачений борг все рівно залишається і за це передбачена пеня ( https://rv.tax.gov.ua/media-ark/news-ark/769396.html).

Нарахування пені розпочинається при нарахуванні суми грошового зобов’язання, визначеного платником податків або податковим агентом, у тому числі у разі внесення змін до податкової звітності внаслідок самостійного виявлення платником податків помилок відповідно до ст. 50 ПКУ, – після спливу 90 календарних днів, наступних за останнім днем граничного строку сплати податкового зобов’язання (п.п. 129.1.3 п. 129.1 ст. 129 ПКУ). Див. про це тут https://od.tax.gov.ua/media-ark/news-ark/953108.html.

Раді допомогти, звертайтесь ще!