Розглянемо кожне питання окремо:

1) за дні відсутності працівника йому правомірно нарахувати матеріальну допомогу, наприклад, у розмірі середньої заробітної плати;

2) до отримання документів, що підтверджують призов працівника на військову службу, табелюйте його відсутність як неявки з нез'ясованих причин (НЗ). Після отримання документів видайте наказ про увільнення працівника від роботи відповідно до ч. 3 ст. 119 КЗпП та змініть причину відсутності на інший невідпрацьований час, передбачений законодавством (ІН);

3) ні, не вплине. Працівник, якому не нараховується заробітна плата, не включається до рядка 103 об'єднаної звітності та не враховується при визначенні розміру середньої заробітної плати по підприємству.

Раді допомогти, звертайтесь ще!