Взаємозалік витрат на ремонт та ПДВ при оренді приміщення

Ні, окремо обидві сторони складають ПН за ставкою 20% на свої послуги, не тільки на різницю.
Якщо орендодавець компенсує орендареві вартість ремонту (грошима чи в рахунок орендної плати), орендар повинен нарахувати податкові зобов'язання з ПДВ на всю суму таких послуг з ремонту, не тільки на різницю між вартістю оренди та витрат на такий ремонт. Адже в цілях ПДВ така операція є постачанням і на підставі п.187.1 ПКУ ви повинні скласти та зареєструвати податкову накладну за правилом першої події.

В вашому випадку, якщо оплати грошовими коштами не буде, то на дату підписання акту прийому-передачі послуг з такого ремонту чи іншого документа, яким узгоджено, що роботи прийняті орендодавцем і де зафіксована їх вартість. В акті ви можете зазначати, що це саме відшкодування (компенсація) робіт з поточного ремонту орендованого приміщення.
Акт буде підставою для визнання витрат для орендодавця.

Ваш орендодавець відповідно теж складає ПН на свої послуги з оренди як і зазвичай і так послуги оренди ви відносите на свої витрати.
Детальніше про особливості бухобліку в орендаря та орендодавця можете прочитати в матеріалі.
https://7eminar.ua/news/5858-orendni-operaciyi-v-obliku-orendarya-buxgalterski-provedennya

Що стосується взаємозаліку зустрічних однорідних вимог, то якраз підписання такого акту буде підставою для такого проведення. Адже взаємозалік зустрічних однорідних вимог можливий лише між двома сторонами, якщо ці вимоги є однорідними та такими, строк сплати зобов'язань за якими вже настав.
В такому разі ви доплачуєте за оренду лише різницю вартості грошовими коштами. ПДВ при такому заліку не коригується, кожна зі сторін має свої податкові зобов'язання та право на свій податковий кредит після реєстрації податкових в ЄРПН.

Детальніше про процедуру взаємозаліку можете прочитати тут
https://7eminar.ua/news/11422-vzajemozalik-zaborgovanostei-yak-oformiti-prosto-bezpecno-zakonno

Раді допомогти, звертайтесь ще!