Ні, суму ПДВ, сплачену при купівлі комплектуючих, не потрібно включати в розрахунок ціни виробу для державного контракту. Підприємство зберігає право на податковий кредит за цими комплектуючими, і цей ПДВ не є його остаточним витратою. Операція з постачання БпЛА звільнена від оподаткування, і нараховувати компенсуючі зобов'язання за п. 198.5 ПКУ не потрібно.

Розглянемо все покроково з посиланнями на норми законодавства.

Звільнення від ПДВ та збереження податкового кредиту. Операції з постачання товарів для потреб оборони, зокрема безпілотних літальних апаратів, звільняються від оподаткування ПДВ. Це прямо передбачено Податковим кодексом України, пп. 5 п. 32 підрозділу 2 розділу ХХ.https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/2755-17#n8035

Ключовим моментом є спеціальне застереження в цій же нормі:

«У разі здійснення операцій, звільнених від оподаткування податком на додану вартість відповідно до підпунктів 4 і 5 цього пункту (в частині постачання товарів за державними контрактами (договорами) з оборонних закупівель), положення пункту 198.5 статті 198 та статті 199 цього Кодексу не застосовуються щодо таких операцій».
Це означає, що:

Підприємство має повне право на податковий кредит з ПДВ за всіма придбаними з ПДВ комплектуючими, які використовуються для виробництва БпЛА.
При постачанні готових БпЛА за держконтрактом не потрібно нараховувати компенсуючі податкові зобов'язання за п. 198.5 ПКУ.
Що означає "відшкодування ПДВ"? Коли ви кажете, що підприємство "регулярно відшкодовує ПДВ", це означає, що сума податкового кредиту (вхідний ПДВ) перевищує суму податкових зобов'язань (вихідний ПДВ). Завдяки спеціальній нормі для оборонних закупівель, ваш податковий кредит не "згорає" і не вимагає компенсації, а накопичується і може бути заявлений до бюджетного відшкодування.
Формування собівартості та розрахунок ціни. Згідно з Національним положенням (стандартом) бухгалтерського обліку 9 "Запаси", п. 9, до первісної вартості запасів (у вашому випадку — комплектуючих) не включаються суми непрямих податків (як-от ПДВ), які відшкодовуються підприємству.

Оскільки вхідний ПДВ за комплектуючими вам відшкодовується через механізм податкового кредиту, він не є вашою витратою і не повинен включатися до собівартості продукції.
Трактування фрази "враховуються всі податки та збори". Ця вимога Постанови КМУ означає, що в ціну мають бути закладені всі податки та збори, які є невідшкодовуваними для підприємства і формують його реальні витрати (наприклад, податок на землю, екологічний податок, збори до Пенсійного фонду з зарплати тощо).

Оскільки вхідний ПДВ для вас є відшкодовуваним, його включення до ціни для держзамовника було б некоректним, адже це призвело б до подвійної компенсації: один раз від держави через ціну контракту, і вдруге — через механізм бюджетного відшкодування ПДВ.
Отже,

При розрахунку ціни на БпЛА для державного контракту ви повинні виходити з вартості комплектуючих без урахування вхідного ПДВ. Цей ПДВ ви відображаєте у складі податкового кредиту, що зменшує ваші зобов'язання перед бюджетом або формує суму до відшкодування. Ваша операція з постачання готових БпЛА є звільненою від ПДВ, і жодних компенсуючих зобов'язань за нею нараховувати не потрібно.

Раді допомогти, звертайтесь ще!