На нашу думку, якщо ці додаткові витрати мав нести постачальник за умовами договору, то він мав би включити їх до договірної ціни (до загальної суми інвойсу).

Якщо зараз постачальник-нерезидент буде уточнювати вартість поставленого товару на суму цих додаткоих витрат, то Вам треба буде включити їх до фактурної вартості товарів в митній декларації.

Якщо цього не було зроблено раніше, то треба буде подати аркуш коргування до МД - уточнити фактурну ватість, яка вплине на митну вартість та митні платежі (мито та ПДВ).

Положення про митні декларації № 450 (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/450-2012-%D0%BF#n129) визнаає наступне:

"7. Після завершення митного оформлення зміни до митної декларації за формою єдиного адміністративного документа можуть вноситися шляхом:

...Аркуш коригування заповнюється та оформлюється митним органом у разі:
необхідності виправлення відомостей, пов’язаних з доплатою або поверненням митних платежів, у тому числі у зв’язку із скасуванням рішення митного органу;
необхідності виправлення за письмовим зверненням декларанта відомостей, пов’язаних з коригуванням ціни товару, що вивозиться за межі митної території України, для цілей податкового контролю за трансфертним ціноутворенням, якщо таке коригування не призведе до зменшення суми податків, що підлягає сплаті до бюджету;
необхідності виправлення за письмовим зверненням декларанта помилково зазначених в оформленій митній декларації за формою єдиного адміністративного документа відомостей про товари, не пов’язаних з перерахуванням сум митних платежів за такою митною декларацією;
необхідності відображення за письмовим зверненням декларанта відомостей про товари, що стали відомі після закінчення митного оформлення товарів, не пов'язаних з перерахуванням сум митних платежів за митною декларацією за формою єдиного адміністративного документа..."

Раді допомогти, звертайтесь ще!