Заголовок тимчасово відсутній
Розглянемо окремо Ваші питання:
1) Є дві думки щодо відображення витрат по сертифікатах КЕП: через 39 рахунок та 127.
На нашу думку, доцільно використовувати рахунок 39 «Витрати майбутніх періодів» (Інструкція №291 https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/z0893-99#Text) (і сам КЕП, і послуги з його надання), оскільки отримувач сертифікату несе витрати відразу, а користується КЕП впродовж усього періоду їх дії.
Також, ми не вбачаємо підстав визнавати КЕП активом, адже відповідно до визначення, наведеного у ст. 1 Закону № 996, активи — це ресурси, контрольовані установою в результаті минулих подій, використання яких, як очікується, приведе до отримання економічних вигод у майбутньому. Але підприємство не може контролювати використання КЕП, оскільки він зроблений на ім’я конкретної особи і право його накладати належить тільки цій особі. Хоча податкова вважає КЕП саме нематеріальним активом: https://dp.tax.gov.ua/media-ark/news-ark/469841.html.
В бухобліку. Оплата постачальникові за ЕЦП + послуги: Дт 39 Кт 311. Потім щомісячно з рахунку 39 списується 1/24 оплати Дт 92 К-т 39.
2) Придбаний примірник програми «M.E.Doc» визнають нематеріальним та обліковувати на субрахунку 127.
В бухгалтерському обліку:
- Перерахували попередню оплату за дистрибутив комп’ютерної програми подання звітності 371 311
- Отримали дистрибутив 154 631
- Закрили рахунки авансів виданих 631 371
- Ввели в експлуатацію комп’ютерну програму 127 154.
В податковому обліку придбання права на фізичне використання програмного забезпечення слід віднести до групи 6 нематеріальних активів (пп. 138.3.4 ПКУ https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/2755-17#n10662 ). Строк використання - відповідно до правовстановлюючого документа. У вас - 1 рік.
Раді допомогти, звертайтесь ще!

