Заголовок тимчасово відсутній

На нашу думку, в цій ситуації на жаль, прийдеться звертатися до суду.

ПКУ щодо нарахування пені в ст. 129 визначає наступне (https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/2755-17#n2457):

"129.1. Нарахування пені розпочинається:

...129.1.3. при нарахуванні суми грошового зобов’язання, визначеного платником податків або податковим агентом, у тому числі у разі внесення змін до податкової звітності внаслідок самостійного виявлення платником податків помилок відповідно до статті 50 цього Кодексу, - після спливу 90 календарних днів, наступних за останнім днем граничного строку сплати податкового зобов’язання.

...129.3. Нарахування пені закінчується (крім пені, передбаченої підпунктами 129.1.2, 129.1.4 пункту 129.1 цієї статті):

129.3.1. у день зарахування коштів на відповідний рахунок органу, що здійснює казначейське обслуговування бюджетних коштів на відповідний рахунок платника податків та/або в інших випадках погашення податкового боргу та/або грошових зобов'язань;

129.3.2. у день проведення взаєморозрахунків непогашених зустрічних грошових зобов'язань відповідного бюджету перед таким платником податків;

129.3.3. у день запровадження мораторію на задоволення вимог кредиторів (при винесенні відповідної ухвали суду у справі про банкрутство або прийнятті відповідного рішення Національним банком України);

129.3.4. при прийнятті рішення щодо скасування або списання суми податкового боргу (його частини).

...129.9. Пеня не нараховується, а нарахована пеня підлягає анулюванню в таких випадках:

129.9.1. закінчення 1095 дня, що настає за днем, коли у контролюючого органу відповідно до цього Кодексу виникло право нарахувати пеню платнику податків;

129.9.2. вчинення діяння (дії або бездіяльності) особою, що діяла у відповідності до індивідуальної чи узагальнюючої податкової консультації та/або висновку про застосування норми права Верховного Суду України;

129.9.3. вчинення діяння (дії або бездіяльності) внаслідок незаконних рішень, дій або бездіяльності контролюючих органів, визнаних такими у встановленому законом порядку;

129.9.4. вчинення діяння (дії чи бездіяльності) з вини банку, органу, що здійснює казначейське обслуговування бюджетних коштів, небанківського надавача платіжних послуг, еквайра, емітента електронних грошей;

129.9.5. виявлення в роботі електронного кабінету технічної та/або методологічної помилки чи технічного збою і визнання такої помилки/збою технічним адміністратором та/або методологом електронного кабінету або згідно з повідомленням на офіційному веб-сайті центрального органу виконавчої влади, що реалізує державну податкову політику, або підтвердження її існування рішенням суду, якщо порушення були зумовлені виключно технічною та/або методологічною помилкою чи технічним збоєм у роботі електронного кабінету;

...129.9.8. у разі помилкової сплати платником податків, у тому числі податковим агентом, грошового зобов’язання на інший бюджетний рахунок (без порушення законодавчо визначеного строку сплати податку або узгодженої суми грошового зобов’язання до бюджету). Умовою підтвердження таких обставин є вчинення платником дій, передбачених статтею 43 цього Кодексу, щодо повернення помилково сплачених грошових зобов’язань;

129.9.9. в інших випадках, передбачених цим Кодексом."

Отже, у Вашій ситуації пеня не мала нараховуватись, оскільки для її нарахування потрібна не тільки дата початку її нарахування, але і дата закінчення за умов, визначених п. 129.3 ПКУ.

А в цьому пункті не вказано такої дати закінчення нарахування пені як зменшення платником узгодженого ПЗ шляхом подання уточнюючого розрахунку.

Проте, не виключаємо, що за скасування нарахованої пені прийдеться звертатися до суду.

Вам в нагоді може бути наприклад, така Постанова ВСУ від 03.03. 2020 р. N 520/11625/18;
N К/9901/628/20:

"18. З моменту подання платником податків податкової декларації, визначена ним сума податкового зобов'язання є узгодженою і має бути сплачена у граничні терміни, визначені законом.
19. Норми статті 50 Податкового кодексу України визначають право платника податку, у разі виявлення помилок у поданій ним податковій звітності, внести відповідні зміни шляхом подання уточнюючого розрахунку.
20. Задовольняючи позовні вимоги, суд апеляційної інстанції дійшов висновку, що позивач, подавши уточнюючу декларацію, не погашав податковий борг, а фактично привів податкову звітність в частині авансових внесків до стану фінансово-господарської діяльності підприємства, що зумовило зменшення таких внесків.
21. За положеннями статті 109 Податкового кодексу України податковими правопорушеннями є протиправні діяння (дія чи бездіяльність) платників податків, податкових агентів, та/або їх посадових осіб, а також посадових осіб контролюючих органів, що призвели до невиконання або неналежного виконання вимог, установлених цим Кодексом та іншим законодавством, контроль за дотриманням якого покладено на контролюючі органи.
22. Суд вважає, що зменшення абсолютного значення податкового зобов'язання не доводить факт сплати авансових платежів з податку на прибуток, що вказує на відсутність об'єкту нарахування пені та доводить безпідставність заявлених позивачем до стягнення сум пені в обраний ним спосіб."

Це рішення суду включено в Огляд судової практики Касаційного адміністративного суду у складі Верховного Суду щодо фінансової відповідальності (Рішення, внесені до ЄДРСР, за період із 2018 року по лютий 2023 року), тобто така позиція судів застосовується і на даний час.

Раді допомогти, звертайтесь ще!