Обов'язок нарахування компенсуючого ПДВ на грант підприємства

Ні, обов’язку нараховувати компенсуючі податкові зобов’язання з ПДВ (згідно з п. 198.5 ПКУ) на суму гранту не виникає.

1. Використання в оподатковуваних операціях
Згідно з п. 198.5 ПКУ, компенсуючий ПДВ нараховується лише тоді, коли товари або основні засоби (ОЗ), придбані з ПДВ, починають використовуватися в:

неоподатковуваних операціях;
звільнених від оподаткування операціях;
операціях, що не є господарською діяльністю.
Оскільки ви зазначили, що ОЗ використовується в оподатковуваних операціях (тобто у вашій звичайній сільськогосподарській діяльності, яка оподатковується ПДВ), умови для застосування п. 198.5 ПКУ відсутні.

Згідно з п. 198.5 ПКУ

https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/2755-17#n4483

2. Джерело походження коштів
Податковий кодекс не ставить право на податковий кредит або відсутність зобов'язань у залежність від того, за які кошти придбано актив (власні, кредитні чи грантові). Головне — це факт придбання для використання в оподатковуваних операціях у межах господарської діяльності.

Грант у даному випадку є лише джерелом покриття витрат (або погашення кредиту). Навіть якщо грант отримано після придбання, він не змінює характер використання самого трактора, комбайна чи іншого ОЗ.

3. Чи є грант оплатою за товар?
Важливо розрізняти грант на розвиток (цільове фінансування) та оплату вартості товарів/послуг.

Якщо грант надається як безповоротна допомога на зміцнення матеріально-технічної бази, він не є об'єктом оподаткування ПДВ у розумінні п. 185.1 ПКУ (це не постачання товарів чи послуг грантодавцю).

Відповідно, отримання таких коштів не вимагає від вас нарахування ПДВ на "вході".
На що варто звернути увагу (Бухгалтерський аспект)

Хоча з ПДВ проблем немає, не забудьте про правильне відображення цільового фінансування в бухобліку (рахунок 48):

Оскільки ОЗ вже придбано за кредитні кошти, отримання гранту визнається доходом протягом періоду корисного використання об'єкта ОЗ пропорційно сумі нарахованої амортизації (п. 18 НП(С)БО 15).

На суму отриманого гранту ви будете робити проводку: Дт 48 — Кт 69, а потім щомісяця Дт 69 — Кт 745 одночасно з нарахуванням амортизації в частині, що покрита грантом.

Згідно з п. 18 НП(С)БО 15

https://zakon.rada.gov.ua/laws/show/z0860-99#o34

Висновок: Ви правомірно зберегли податковий кредит при купівлі ОЗ (навіть за кредитні кошти), і отримання гранту через 6 місяців не змушує вас "повертати" цей кредит державі через нарахування ПДВ зобов'язань, доки актив працює у вашому агровиробництві.

Раді допомогти, звертайтесь ще!