Якщо це щорічна відпустка то такий лікарняний оплачується в звичайному порядку, а відпустка продовжується або переноситься.

Згідно роз’яснення Держпраціі https://dp.dsp.gov.ua/novyny/chy-oplachuietsia-lystok-nepratsezdatnosti-iakshcho-pratsivnyk-zakhvoriv-pid-chas-perebuvannia-u-shchorichnii-vidpusttsi-2/ Працівник зобов’язаний повідомити роботодавця про своє рішення продовжити або перенести відпустку на бажаний термін та про причини продовження або перенесення відпустки. Своєю чергою, роботодавець має видати наказ про продовження або перенесення відпустки. Підставами для такого наказу є листок непрацездатності та заява працівника.

Отже, від працівника потрібна заява про перенесення або продовження відпустки (зразок заяви Заява про продовження щорічної основної відпустки у зв'язку з тимчасовою непрацездатністю ).
Лікарняний беремо в роботу коли він отримує статус «Готовий до сплати» тоді в нараховуємо та виплачуємо такий лікарняний.
Якщо період продовженої відпустки перепадає на той самий місяць в якому було надано таку відпустку, то перераховувати і сторнувати відпускні не потрібно, в такому випадку просто нараховуємо лікарняні.
Якщо період продовженої відпустки припадає на інший місяць, то потрібно сторнувати суму відпускних, що припадають на дні перебування працівника на лікарняному та окремо нарахувати суму допомоги по тимчасовій непрацездатності. При цьому середній зарбіток за календарні дні продовженої відпустки, розраховують заново виходячи з нового розрахункового періоду, який передує місяцю надання продовженої / перенесеної відпустки.
Покрокова інструкція в нашій статті
https://7eminar.ua/news/7517-pracivnik-zaxvoriv-u-vidpustci-yak-prodovziti-perenesti-vidpustku-oplata-ta

Раді допомогти, звертайтесь ще!