Так, ваша думка вірна

Навіть якщо в договорі прописано, за чий рахунок сплачується комісія, то при сплаті через банки посередники вони можуть знімати окремо комісії, на які ні ви, ні ваш платник не зможете повпливати.
Тому саме в Swift платежі у вас буде вказано повну суму, які відправив ваш покупець, а також окремо комісію банків-посередників.
Ваш покупець вірно відправив саме 13 тис. дол, окремо в нього за окремим платіжним дорученням його обслуговуючий банк зняв комісію за проведення такого платежу. Але цю комісію саме за переказ між різними банками він окремо ніяк не міг сплатити.

В даному випадку для закриття взаєморозрахунків ви спочатку робите проводку Дт 312 - Кт 362 (або 6812, якщо використовуєте рахунки передплат) на повну суму 13 000 дол.
І одночасно в той же день робите проводку Дт 92 - Кт 312 - 18 дол. - на суму списаної комісії.
Підтвердженням такого списання і витрат на комісію банку якраз буде платіжна інструкція (SWIFT).

Таким чином у вас закриються взаєморозрахунки і з контрагентом, і буде відповідність коштів на рахунку 312.

Раді допомогти, звертайтесь ще!