Чи потрібно сплачувати фрахт за послуги нерезидента

Ні, якщо між Україною та країною реєстрації нерезидента є діюча Конвенція про уникнення подвійного оподаткування.
Підставою для несплати податку на прибуток нерезидента, що отриманий як фрахт, є наявність довідки (або її нотаріально засвідченої копії), яка підтверджує, що нерезидент є резидентом країни, з якою укладено міжнародний договір України.
Це підтверджують і податківці в ЗІР (категорія 102.16)
https://zir.tax.gov.ua/main/bz/view/?src=ques&id=38291

В Україні ставка на доходи у вигляді фрахту встановлена в розмірі 6%. Для розуміння, чи буде така виплата повністю звільнені від оподаткування, чи ні, вам варто переглянути саме наявність такої Конвенції з країною нерезидента, а також ставки, які нею визначені, та умови, коли податок в країні виплати (у вашому випадку в Україні) не стягується.
Перелік таких діючих договорів та конвенцій можете знайти за посиланням.
https://mof.gov.ua/uk/international_agreements_of_ukraine_on_avoidance_double_taxation-543

Раді допомогти, звертайтесь ще!